В этих чрезвычайных условиях французская армия понемногу обживала русскую столицу. Штаб-квартира Мюрата расположилась на Вшивой горке у Новых рядов в двухъярусном доме золотопромышленника и заводчика Баташова. На Девичьем поле, у монастыря, в доме фабриканта и купца Милюкова разместились квартиры герцога Экмюльского и маршала Даву. Все высшие чины французской армии были глубоко возмущены пожарами в Москве и считали их делом рук русских. Особенно негодовал маршал Даву по поводу того, что город оставили без помощи и пожарного инвентаря. А еще он не мог понять, почему даже за хорошую плату русские крестьяне не подвозят французам продовольствие? Маршал ежедневно накладывал смертельные резолюции на списках осужденных к расстрелу. Их казнили у берегов Москвы-реки, прямо на огородах, посреди грядок с капустой или морковью. Усилиями Мортье огонь в столице все-таки удалось остановить, но то там то здесь постоянно вспыхивали все новые и новые очаги.
Между тем Наполеон все еще не терял надежды на выгодное для него перемирие с русскими. Он написал письмо Александру I с предложением мира и поручил доставить его царю русскому офицеру, найденному в военном госпитале в Лефортово. В нем же он не забыл упомянуть и о таком несчастье, как пожары. Порученец выехал, а Наполеону ничего не оставалось, как ждать ответа.
Тем временем неведомые поджигатели добрались и до Кремля, где находилась главная ставка Наполеона. Огонь уже нагрел оконные рамы кремлевских построек, крыши дворцов были усеяны огненными искрами. А ведь на территории Кремля находился склад пороха и был расквартирован целый артиллерийский парк французов. А тут еще неизвестно откуда появился слух, что кремлевский ансамбль заминирован. Паники это у французов не вызвало, но всем было понятно, что если бы хоть одна из искр попала на пороховой ящик, последствия могли бы быть непредсказуемыми. Однако, к счастью французов, этого не случилось. Все время, пока солдаты боролись с огнем, Наполеон не отходил от окна. Наблюдая за этой неукротимой стихией, он не переставал возмущенно восклицать: «…Какое ужасное зрелище! Это они сами. Сколько дворцов! Какое необыкновенное решение! Что за люди! Это скифы!» И хотя император старался не показывать свое волнение, по всему было видно, что чувствовал он себя в кремлевских палатах, словно в осаде. Казалось, что еще немного, и огненная стихия отрежет все пути выхода отсюда. Прибывшие в Кремль Мюрат, Бертье и принц Евгений чуть ли не на коленях просили Наполеона покинуть его, но тот был угрюм и долго упрямился.
Вскоре французам удалось задержать русского солдата-поджигателя. Император пожелал допросить его лично. На все его вопросы тот отвечал только одно: «Я исполнил приказание по сигналу, данному моим начальником». Солдата после допроса выволокли во двор и тут же закололи штыками, а Наполеон понял, что русские готовы даже сжечь свою святыню, но не покориться врагу. Опасаясь оказаться в огненной ловушке, он все же решился покинуть Кремль. Через подземный ход император со свитой выбрался за его пределы, а к ночи уже был в Петровском замке.
Теперь у Наполеона не было охоты любоваться его красотами. Он словно забыл, что «несет мир на своих плечах». Он перестал давать распоряжения. Изредка он выезжал осматривать город, но эти поездки не радовали его. На белой арабской лошади император проехался прямо по помещениям Новодевичьего монастыря, а затем приказал установить в нем батарею и укрепить стены, а также взорвать храм Иоанна Предтечи, который напоминал ему о вражде с орденом мальтийских рыцарей Иоанна Иерусалимского во время его египетского похода. В одном из писем из Москвы в Париж он писал: «Здесь тысяча шестьсот церквей». Однако, до недавнего времени мечтавший короноваться императором Запада и Востока, он отнесся к православной вере и ее святыням как варвар. По его распоряжению в уцелевших от пожаров монастырях и церквях были оборудованы казармы, артиллерийские склады, штабы, хлебопекарни, а некоторые из них и вовсе превращены в конюшни и скотобойни. К примеру, в храме Варвары-великомученицы находилась конюшня генерала Гильемино. Не менее драматичной была и судьба знаменитого Архангельского собора: в нем было полностью расхищено церковное имущество, а в помещении устроен склад провизии, кухня и мясная лавка. Стульями и скамейками в них служили снятые со стен и положенные на ящики с продуктами… древнерусские иконы. Спали солдаты прямо в алтаре, на снятых с петель дверях храмовых помещений, а престол и жертвенник были превращены в кухонный стол. На паникадиле и в разграбленном иконостасе висели тушки битой дичи и куски говядины. В русских церквях подвыпившие солдаты курили трубки и играли в карты. В Чудовом монастыре над святой гробницей поставили столярный верстак. Чудом не пострадала только Троице-Сергиева лавра, куда французы наведывались трижды. Но то ли Бог, то ли густой туман уберегли эту святыню от поругания.