Начавшиеся перемены 90-х привели к застою всех этих научных отраслей. Очень многие атомные электростанции, строительство которых началось ещё в 70-80-х годах, проекты строительства были остановлены и стройки заморожены. Сам уровень производительности атомной энергетики также подвергся негативному изменению из-за изменений финансирования и нехватки средств. Но стоит сказать прямо и честно, что развитие атомной промышленности было частично остановлено ещё в 1986 году, когда произошла страшная авария на Чернобыльской АЭС, приведшая к ужасным последствиям, мировому страху за судьбу мира и далее приведшая к падению спроса применения атомной энергии в мире. Застой был и в космической отрасли – предприятия по созданию космических аппаратов и оборудования испытывали на себе кризис 90-х, производительность падала и не хватало рабочей силы из-за проблем финансирования и выплат зарплат. Из-за распада СССР и появления стран СНГ встал вопрос о принадлежности космодрома Байконур, находящийся на территории Казахстана. Количество запусков с Байконура и космодрома Плесецк в 90-е также было сокращено по сравнению с годовыми запусками советских лет. Что касается атомного флота России, то выпуск в эксплуатацию новых атомных подлодок в 90-е годы не происходило, были заложены только несколько субмарин: в 1993 году был заложен «Северодвинск», головной корабль проекта 855 «Ясень» (принят на вооружение в 2014 году), в 1996 году стратегический ракетоносец «Юрий Долгорукий» проекта 955 «Борей» (принят на вооружение в 2013 году). Но многие суда и подлодки, что эксплуатировались во флоте с советских годов, оказались уже изношенными и шли на металлолом при отсутствии им новой замены. Но это положение будет исправляться, начиная с 10-х годов нашего века.
Но перемены в лучшую сторону начнут происходить ещё начиная с 2000 года. Космические отрасли выходили из ямы кризиса 90-х, и выходили они с трудом. Чтобы ускорить восстановление космического отечественного производства в России, этим самым космическим предприятиям ничего не оставалось делать, как объединяться с зарубежными компаниями и спонсорами, где за счёт иностранного капитала шло строительство и восстановление инфраструктуры космических российских отраслей, но при это часть космических технологий вытекала за рубеж. С одной стороны это кажется неправильным – когда некогда сильная в космическом плане страна стала быть зависимой от иностранцев, а все российские технологии свозить за рубеж как компенсация за помощь. Но стоит сказать, что в 90-е наша страна была вовсе не той, что была когда-то при жизни первого космонавта Юрия Гагарина, или же при ракетостроителе Сергее Королёве. 90-е оказались таким временем, когда Россия оказалась зависимой от иностранцев и зарубежья во всём, и не только в космической сфере. Стране чтобы выйти из кризиса 90-х и очередного дефолта рубля 1997 года пришлось идти на все возможные и невозможные пути, чтобы окончательно не потерять то, что уже было потеряно при распаде СССР и при дальнейшей деградации государства. И в этом случае именно за счёт иностранного капитала удалось частично снять с космической отрасли пелену кризиса и застоя, но больше всего это было сделано самим российским государством, которое стало больше вливать средств в эту структуру.
Период 2000-2008 годов стал благотворным для российской экономики. Стали развиваться и возвращать былое трудовое величие космические отрасли в таких городах как Королёв, Самара, Красноярск, восстановились предприятия-производители ракетных двигателей НПО «Энергомаш» им. Глушко (Химки), КБХА (Воронеж), «Протон-ПМ» (Пермь), ВМЗ (Воронеж), ПО «Полёт» (Омск), СНТК им. Кузнецова (Самара), МКБ «Факел» (Химки). Особая благодарность в развитии отечественной космонавтики лежит на соседнем братском государстве Беларусь и братьях-беларусах, где в стране также действуют космические предприятия и где граждане братской страны трудятся, создавая для российской космонавтики аппаратуру и детали! Совместным трудом россиян и белорусов у Беларуси появилась собственная космическая отрасль, а сама страна стала ещё одной космической державой в мире: первое достижение в этой области для Беларуси произошло в 2012 году с запуска первого в мире белорусского спутника на ракете «Союз-ФГ».