Особенно ярко проявились заботы Нартова о росте русских ученых в его отношениях к Ломоносову. В свою очередь, и Ломоносов не раз высказывал свое уважение к великому инженеру. Следственная комиссия в своих протоколах официально признала, что без ведома Нартова Ломоносов отказывался даже отвечать на допросе. «Ломоносов показал, что в ответ он, Ломоносов, иттить без воли его советника Нартова не смеет».
Когда эта комиссия арестовала Ломоносова, Нартов за него горячо вступился. Он обратился в комиссию с просьбой освободить Ломоносова из-под караула, дать ему возможность заниматься наукой в интересах государства.
В то трудное время, когда академическая казна была пуста, Нартов заботливо выкраивал хотя бы небольшие средства, чтобы поддержать своего великого единомышленника. В документах, подписанных в те дни Нартовым как руководителем Академии, неоднократно встречаются решения о материальной поддержке Ломоносова, о выдаче ему в счет жалованья денег, как писал Нартов, «для необходимых его нужд». В августе 1743 года Ломоносов оказался в крайне бедственном положении из-за того, что Академия не имела возможности выплатить ему жалованье, заслуженное с сентября прошлого года.
«А ныне я, нижейший, — писал Ломоносов, — нахожусь болен и при том не токмо лекарства, но и дневной пищи себе купить на что не имею, и денег взаймы достать нигде не могу».
В Академии не было ни копейки. Нартов решил лично помочь и «за неимением в казне денег выдать Ломоносову пять рублев». Он последовательно и помогал и защищал лучшего русского ученого. В одном из документов Нартов очень четко указал, что Академия не может лишиться Ломоносова.
Между тем условия работы самого Нартова становились все более трудными. Следственная комиссия вскоре после начала ее работы повела дело так, что, как писал Ломоносов, «вся оборотилась» против Нартова и его товарищей.
Шумахера объявили… невинным.
В декабре 1742 года его и приспешников освободили из-под ареста. Арестованными оказались союзники Нартова. Всеми способами обеляя Шумахера, комиссия вынесла жестокое решение против его обвинителей. Шумахер был обвинен в преступлениях, равных измене. За это полагалась смертная казнь. Теперь отвергли даже такие неопровержимые обвинения, как то, что Шумахер не допустил в академики ни одного русского ученого. Комиссия пренебрегла списками академиков, точно подтверждавшими именно такое положение. Необоснованно отвергли и другие важные обвинения. Вместо того чтобы осудить Шумахера, признали, что за выступление против него смертной казни заслуживает Иван Горлицкий. К смертной казни приговорили Камера, Грекова, Носова. Только лишь «из природной милости» сочли возможным «вместо смерти учинить им наказание кнутом и сослать их на житье в Оренбурх».
Комиссия в своих решениях, представленных для утверждения императрице, требовала суровой расправы и над другими обвинителями. Расправу над Нартовым предоставили на усмотрение императрицы. Несправедливость была столь вопиющей, что Елизавета и после решения Следственной комиссии на протяжении года оставила Нартова стоять во главе Академии. Его товарищи мужественно боролись, посылали протесты, несмотря на то, что их держали «под крепкими караулами». Комиссия неоднократно требовала от Нартова снять печати с академических материалов, опечатанных им для того, чтобы не было злоупотреблений. Нартов, однако, нашел возможность так опечатать некоторые материалы, что даже в мае 1744 года, как отметил Сенат, «поныне оные не распечатаны».
В отместку комиссия опечатала все его машины, собрания, преднамеренно учинив для Нартова и его учеников «в науках помешательства», а в марте 1743 года обвинила Нартова в том, что он «академией править не может понеже наук не знает», «что-де он человек неученый и знания в науках никакого не имеет». Обрушилась комиссия и на Ломоносова, открыто, на официальном ее заседании называвшего Шумахера вором. Хотя Нартов и его товарищи неопровержимо доказали, что Шумахер был действительно вором и казнокрадом, восемнадцать лет присваивавшим часть академических сумм и повинным в других хищениях, комиссия пренебрегла даже доказательством передачи Шумахером за рубеж государственных секретов.
«Сверх сего доказал советник Нартов, писал Ломоносов, — что Шумахер сообщил тайно в чужие государства карту мореплавания и новообретенных мест Чириковым и Берингом, которая тогда содержалась в секрете».
Комиссия не только пренебрегла всеми обвинениями, но, изобразив Шумахера пострадавшим, запросила для него повышение в чине, производства в ранг статского советника, что вскоре и было сделано.
Дело, однако, приняло настолько скандальный оборот, что обвинителей Шумахера пришлось под благовидным предлогом отпустить.
Шумахеровцы торжествовали, но Нартов не сдался. Он продолжал руководить Академией наук целый год после позорного приговора Следственной комиссии. Только 5 декабря 1743 года Сенат принял решение возвратить Шумахера на старое место. Нартову запретили называться академиком. Но и Шумахер никогда не получил это звание.