В Лаборатории механических и инструментальных наук Нартов собрал большую группу станков. В описи, составленной им же в 1741 году, их упоминается пятьдесят. Лично Нартов изобрел и построил одиннадцать станков, кроме того, закончил три станка, начатых умершими мастерами.
В связи с изменением обстановки в стране Нартов задумал выступить против Шумахера и его приспешников, тормозивших развитие русской науки. Он решил сообщить о преступных действиях Шумахера императрице Елизавете, которую лично знал по крайней мере с четырехлетнего возраста. Осуществить это намерение было нелегко прежде всего потому, что Елизавета Петровна вместе со своим двором тогда находилась в Москве. Как служащий Академии наук, Нартов не имел права выехать из Петербурга без позволения Шумахера. Последний безраздельно властвовал в Академии после ухода последнего президента Карла фон Бреверна в апреле 1741 года.
Покинуть Петербург Нартову удалось только по указу высшего органа — Сената «для объявления в Москве ко артиллерии секретных дел». Из конторы Сената ему был выдан паспорт и послан указ в Ямскую контору о предоставлении лошадей в древнюю столицу.
Но ранее чем Нартов выехал в Москву, у него и его единомышленников нашелся недруг, который «объявил тайно Шумахеру все их намерение». Шумахер сразу же стал принимать свои контрмеры: писать своим покровителям в Москву и организовывать академиков и адъюнктов для борьбы с посмевшими выступить против него.
13 августа Шумахер выполнил сенатский указ, а 18 августа он уже состряпал для дискредитации Нартова письмо в Статс-контору, ведавшую государственными расходами. Начав с утверждения, что, дескать, Нартов пригоден только лишь «к токарным станам», Шумахер затем пытался сделать ловкий ход. Он решил изобразить сподвижника Петра I как… «ставленника принцессы Анны Брауншвейг-Люнебургской», которую только что свергла ныне царствующая императрица.
Шумахер аргументировал этот прямой политический донос тем, что, мол, Сенат увеличил Нартову жалованье в то время, когда правительницей была немецкая принцесса, даже имя которой теперь не положено произносить. При этом он указал, что Академия Нартову «прибавочного оклада поныне не производила и производить не смеет».
Шумахер «забыл», что он сам же предписал выплачивать прибавку Нартову с 27 апреля 1741 года, то есть во время правления Анны Леопольдовны. Впрочем, он не выплатил Нартову ни копейки…
Но на этот раз расчет Шумахера не оправдался: донос не помог.
По приезде в Москву Нартов передал императрице жалобы на преступные действия всесильного в Академии секретаря. Вместе с ним выступили демократические низы Академии — переводчики Иван Горлицкий и Никита Попов, канцелярист Дмитрий Греков, копиист Василий Носов, комиссар Михаил Камер, студенты Михайла Коврин, Иван Пухорт, Прокофий Шишкарев.
30 сентября 1742 года императрица подписала указ о назначении Следственной комиссии для расследования положения в Академии. Ее членами стали крупнейшие сановники, далекие от Академии наук и не стремившиеся вникнуть в ее интересы: президент Адмиралтейской коллегии граф Н. Ф. Головин, вице-президент Военной коллегии генерал-лейтенант С. Л. Игнатьев и князь Б. Г. Юсупов. Шумахера от должности отстранили. Руководителем Академии стал А. К. Нартов: «повелено смотрение в Академии поручить советнику г. Нартову».
7 октября правительственный указ был доставлен в Петербург. В тот же день арестовали Шумахера. Следственная комиссия приказала вместе с Шумахером «со всеми их имениями тотчас заарестовать» контролера Гофмана, канцеляриста Паули и книгопродавца Прейсера, обвиненных в качестве соучастников его преступлений.