Обвинения против Шумахера были тяжелые. Противники его гневно писали про «явное шумахерово на Россию скрежетание». М. В, Ломоносов отмечал впоследствии: «…сперва комиссия зачалась было горячо».
Главным было обвинение в том, что Шумахер препятствует подготовке русских ученых и действует так, чтобы и впредь их не было: «…в восемнадцать лет ни единого профессора русских нет ни из какой классы, а тщится так, чтоб и впредь не видать». Для подтверждения этого обвинения достаточно было взять в руки списки академиков, начинавшиеся со времени основания Академии фамилиями Германа и Бюльфингера и заканчивавшиеся ко времени выступления Нартова Струбе де Пирмоном, Крузиусом, Трускотом, Сигизбеком.
Обвинители во главе с Нартовым не проявили ни малейшей национальной ограниченности. Они очень четко поставили в вину Шумахеру то, что из-за его козней вынуждены были покинуть Академию выдающиеся ученые-иностранцы, пребывание которых в Петербургской Академии обвинители считали крайне плодотворным для страны. Они точно указали, что после изгнания Бернулли, Германа и других передовых ученых, которые уехали «от непорядков шумахеровых», «на их места Шумахер насадил своих креатур». Таких креатур было немало, начиная с виршеплетов в честь Бирона, подобных Юнкеру, известному своими хулиганскими поступками, который не раз избивал других академиков палкой и расколачивал зеркала в Академии.
Нартов и его товарищи обвинили Шумахера в том, что, подбирая академиков из немцев, он руководствовался не научными заслугами, а только лишь своими карьеристскими интересами. В Польше, на Балканах и в других местах в то время было немало видных ученых, но никого из них Шумахер не допустил в Петербургскую Академию. Напомнили и о том, что Шумахер отверг представлявшихся к утверждению в Академии украинских ученых.
Обвинители правильно указали, что если бы не власть Шумахера, то в Петербурге «под всероссийскою державою» было бы уже немало лучших ученых и из славянских и из других стран: «мужей премудрых довольно сыскалося бы и науки процветали бы». С особым гневом они, конечно, указывали на то, что Шумахер закрыл двери в русскую Академию для русских, обзывая их «негодными и непонятными».
Наиболее резко выступил академический переводчик Иван Горлицкий. Он писал о том, что Шумахер «с единодушными клевретами своими» делает все исключительно только для своей собственной корысти, «России в крайнее поругание во многие веки». Он напомнил и о том, что подвергаются гонению «русские… Петра Великого питомцы, яко уже мужи честные и свободных наук исполненные». Одним из таких людей был Нартов. Но, как говорил Горлицкий, Шумахер ставил русских «не в человеки, но в скоты или во пни».
Шумахера справедливо обвиняли также в расхищении государственных средств, в разнообразнейших злоупотреблениях, вплоть до принуждения служащих Академии работать для его домашних дел, использования академического спирта и многого иного.
Все эти обвинения было невозможно опровергнуть, особенно главное из них, не требовавшее никаких расследований: Академия наук существует с 1725 года, но и в 1742 году в ней все еще нет ни одного русского академика.
А. К. Нартов был, конечно, не единственным человеком, боровшимся с Шумахером. Как писал впоследствии о Шумахере М. В. Ломоносов: «На него просили первые профессоры, призванные в Россию Петром Великим, которых он своими коварствами отсюду вытеснил и наше отечество лишил великия пользы;
на него просили студенты в Правительствующем Сенате, как я был за морем, за что ему был жестокий выговор;
на него просили снова студенты и канцелярские служители с Нартовым в ниспровержении наук и расточении казны, где он во многом изобличен и только знатным предстательством избавился;
наконец, просили на него и все профессоры обще, и для того поручено было им правление ученых дел до президента».
«При толь великих примерах его злости, — делал Ломоносов вывод, — при толь великом множестве свидетелей разного состояния, разных народов и в толь разные времена и обстоятельства, возможно ли сомневаться о бессовестном его поведении?» [12]
Следственная комиссия приступила к разбору обвинений. Указ императрицы предписывал быть «безотлучно» при следствии «для изъяснения и доказательства всех тех непорядков и похищения казны» Нартову, комиссару Камеру «с протчими доносительми» и профессору Делилю. Это был единственный из академиков, ставший сперва на сторону Нартова. Нартов в это неспокойное время оказался вынужденным принять на себя всю тяжесть управления таким сложнейшим учреждением, как Академия. 30 октября 1742 года Следственная комиссия приняла решение: «…к советнику Нартову послать указ, по которому велеть ему для отправления по Академии наук текущих дел вступить на место советника Шумахера». Комиссия неоднократно отмечала: «… Академия наук в главное правление поручена ему, советнику Нартову».