Являлся ярым противником реформ, проводимых королевским правительством. Выступал против короля. При его непосредственном участии в Афганистане в 1966 г. создавалась исламская экстремистская радикальная организация «Братья мусульмане» и позже ее филиал «Мусульманская молодежь», в руководство которой (по рекомендации С. Моджаддиди) в свое время был введен Гульбеддин Хекматияр.
В 1976–1977 гг., находясь в Пакистане, из членов умеренного крыла «Братьев мусульман» создал «Общество мусульманских богословов». В период с 1977 по февраль 1979 г. проживал в Нидерландах, где был настоятелем мечети.
В марте 1979 г. С. Моджаддиди обратился с воззванием ко всем мусульманам Афганистана, призывая их к» джихаду» против режима НДПА.
С. Моджаддиди считается сторонником «западного варианта» решения афганской проблемы. Конечной целью возглавляемой им организации является создание буржуазно-клерикального государства, основанного на учении ислама и собственных демократических принципах.
С. Моджаддиди — лидер ордена «Накшбанди Суфи». Владеет пятью иностранными языками. После Саурской революции 75 членов семейства С. Моджаддиди были репрессированы, из них более тридцати казнены режимом Тараки-Амина. С помощью родственников С. Моджаддиди установил тесные связи с исламскими кругами Саудовской Аравии, Ирана, Египта, Пакистана, Индии. В Саудовской Аравии проживает его двоюродный брат Хашем и сестра, вышедшая замуж за одного из принцев правящей династии. Его многочисленное семейство живет в роскоши за счет прибылей, получаемых от транспортной компании «Моджаддиди гуде транспорт компани». Эта фирма была приобретена в свое время за деньги (750 тыс. дол.) из фонда помощи беженцам, откуда до сих пор она получает «дотации».
Моджаддиди имеет четырех сыновей от Мерхнегор (старшая сестра Сулеймана Лаека — министра по делам народностей и племен). Один из его сыновей (Азизулла) убит террористами ИПА, что является одной из причин личной крайней неприязни отца к лидеру ИПА Г. Хекматияру. В национальном архиве Индии хранятся материалы английской «Интеллидженс сервис» на лиц из клана Моджаддиди сотрудничавших с английскими спецслужбами.