Силы советского сопротивления в 1941 году хотя и признавали в своих донесениях в центр, что церковная политика оккупантов находит поддержку у большинства населения, боролись с ней в основном физическими методами. В ряде населённых пунктов священники, невзирая на степень их вины, были расстреляны101
.Советские органы государственной безопасности в первые месяцы войны также видели в священнослужителях таких же врагов, как и в немецко-фашистских захватчиках. Все церковные мероприятия находились в поле внимания нашей агентуры. Так, согласно Указанию НКВД СССР № 64 «О задачах и постановке оперативно-чекистской работы» от 18 февраля 1942 года требовалось выявить состав церковных и сектантских организаций, возникших при немцах, определить, в чем выражается их вражеская работа, установить, как оккупанты используют эти организации в интересах своей захватнической политики, какие мероприятия они проводят по этой линии (открытие церквей и молитвенных домов, принудительные церковные браки, крещение и т. д.), кто из местных жителей является проводником этих мероприятий.
В директиве НКВД СССР от 12 мая 1942 года констатировался факт усиления влияния церкви на оккупированной территории России. В этих условиях было предложено провести ряд мероприятий, таких, как:
1. Разработка плана мероприятий по установлению связи с проверенной агентурой по церковникам и сектантам, оставшейся на территории, временно занятой противником, а также по заброске в тыл противника имеющейся агентуры по церковной линии.
2. Использование агентуры для получения широкой информации о деятельности церковников и сектантов в оккупированных местностях, о месте нахождения церковных и сектантских центров, их персональном составе, методах и мероприятиях немцев по использованию церковников во враждебных нам целях.
3. Распространение в тылу врага листовок патриотического содержания, подписанных руководством Православной Церкви102
.4. Перед наиболее квалифицированной агентурой из духовенства была поставлена задача проникнуть в церковные центры и внутри их повести борьбу за руководство церковными организациями, склоняя духовенство к признанию церковной власти Московской патриархии.
Данная директива была подписана заместителем наркома внутренних дел СССР.
Хотя официальное примирение Русской Православной Церкви и советской власти произошло лишь в 1943 году, уже с начала 1942 года партизаны и подпольщики, отрезанные от центра, не имевшие с ним надёжной связи, пытались наладить связь со служителями культа. Первоначально через своих агентов определялся тот круг священников, который в своих проповедях занимал по отношению к немцам нейтральную или отрицательную позицию. Далее им рассылались письма с разъяснением того, что данная война является отечественной и для победы над злейшим врагом православного народа требуется объединение всех, кто любит Россию103
.По воспоминаниям комиссара Пятой партизанской бригады И. И. Сергунина трагизм заключался в том, что многие священнослужители, не принимая фашистской идеологии, боялись партизан и не доверяли им. Считали их бандитами. Несмотря на это некоторые священники согласились в своих проповедях говорить о неизбежности победы русского оружия и служить молебны за здравие односельчан, находящихся в Красной Армии104
.После избрания Сергия в патриархи всея Руси в 1943 году, немецкие власти пытались сделать все, чтобы его избрание в сфере их влияния было объявлено недействительным. В Берлине прошло церковное собрание, представленное в основном эмигрантами. «Архиерейское совещание иерархов Православной Русской Церкви», как оно себя официально назвало, приняло резолюцию и воззвание. В них утверждалась незаконность избрания патриарха Московского. Этот акт назывался не церковным, а политическим. Сергий и его сподвижники обвинялись в том, что они — простые марионетки безбожной власти, принимающие «дары от сатаны». Воззвание лживо утверждало, что совещание — это честный, правдивый голос «наиболее свободной части русской церкви», никакой внешней силой не продиктованный.
Совещание приняло решение добиваться следующего:
1. Свободного развития православия во всех оккупированных областях и объединения всех сил «под одним общим церковным возглавлением», т. е. под эмигрантским Карловацким синодом.
2. Активизации духовенства в борьбе против коммунизма.
3. Предоставления вывезенным в Германию русским рабочим «свободного удовлетворения всех церковных нужд».
4. Введения института военных священников при всех русских воинских подразделениях в германской армии с тем, чтобы ими ведал тот же Синод, который именовал себя здесь «Русским церковным центром».
7. Широкого издания духовной литературы для перевоспитания народа, подвергшегося «растлевающему действию большевистского влияния».
8. Создания миссионерского комитета по борьбе с большевистским безбожием.
9. Организации регулярных религиозных радиопередач.
10. Организации духовных библиотек.
11. Предоставления Церкви права открывать духовные школы, семинарии, пасторские курсы105
.