Первой боевой задачей, поставленной перед новыми разведчиками, стало продолжение разведывательных полетов с базы на Окинаве после выведения оттуда самолетов А-12. Операцию по перебазированию в Японию грех SR-71 с номерами 978, 974 и 976 назвали Glowing Heat — Белое каление. 15 марта 1968 года самолеты были готовы к выполнению заданий.
Первый вылет SR-71A на разведку целей во Вьетнаме назначили на 15 марта, но плохая погода заставили отложить полет сначала на 18, а затем на 21 число. Второй полет состоялся 10 апреля. В этом полете у SR-71А.4*976 на высоте 24384 м произошел срыв скачка уплотнения в воздухозаборниках обоих двигателей. Самолет стал стремительно терять высоту. Летчику Джеферсону О‘Мейли (O’Malley) удалось перезапустить воздухозаборники и восстановить управляемость только на высоте 6100 м. Дозаправившись в воздухе, он совершил штатную посадку на базу Кадена. После этого случая SR-71 на Окинаве получил прозвище — “Свинцовые сани”. Через неделю аналогичный случай произошел с самолетом № 978 летчика Бадди Брауна (Buddy Brown). Отказ был усложнен выходом из строя одного из бортовых генераторов. SR-71 пошел на вынужденную посадку на аэродром в Таиланде. Туда немедленно вылетела техническая команда, и после ремонта самолет вернулся на базу.
19 апреля 1968 года очередь отказов дошла и до борта № 974, когда самолет совершал пятый разведывательный полет. На этот раз срыв в воздухозаборнике не застал пилота Джима Уоткинса (Jim Watkins) врасплох. Ему удалось быстро справиться с проблемой, удерживая обороты двигателя на пару делений выше, чем это положено по инструкции.
Причину этих отказов американцы списали на плохие погодные условия, хотя проблемы с воздухозаборниками на SR-71 считались хронической болезнью, и решить их окончательно так и не удалось.
26 июля 1968 года SR-71 № 976 подвергся ракетному обстрелу над Ханоем. На проявленной пленке были видны пуски ракет комплекса С-75, одна из ракет взорвалась в трех километрах позади самолета, не принеся ему никакого вреда.
10 мая 1970 года американцы потеряли первый самолет из отряда Кадена. После взлета и дозаправки в воздухе прямо по курсу SR-71 № 969 появился мощный грозовой фронт. Облака находились на высоте 13700 м, и машина могла их легко обойти, поднявшись выше. Но скороподъемность тяжело груженой топливом машины оказалась слишком маленькой. Когда SR-71 влетел в облачность, у него произошел срыв скачка уплотнения в воздухозаборнике, и упали обороты двигателя. Экипаж решил покинуть самолет. Пилота Уильяма Лоусона (William Е. Lawson) и оператора разведывательных систем Гилберта Мартинеса (Gilbert Martinez) подобрали в районе Тапао в Таиланде.
Следующая авария произошла 20 июля 1972 года на SR-71 № 978. Во время посадки в сложных метеоусловиях пилот Деннис Буш сбросил выпущенный тормозной парашют и ушел на второй круг. Во время повторного захода летчик не смог удержать машину на ВПП при сильном боковом ветре и съехал с полосы. Экипаж не пострадал, но самолет был полностью выведен из строя. Целые детали конструкции, в частности кили, были сняты и в дальнейшем использованы для ремонта других самолетов. Остатки планера, не подлежащие восстановлению, зарыли на территории базы.
После окончания войны во Вьетнаме SR-71 продолжали базироваться на Окинаве до 1990 года и совершали разведывательные полеты над Вьетнамом, Лаосом, Камбоджей, Таиландом и Северной Корей. В 1987-88 годах самолеты выполнили четыре 11-часовых полета над Персидским заливом, для наблюдения за ходом Ирано-Иракской войны. Достаточно часто самолеты из Кадены замечались в районе Камчатки, Курильских островов и острова Сахалин.
Самолет№ 974, базировавшийся в Кадене, разбился 21 апреля 1989 года над Южно-китайским морем. У него на большой скорости разрушился (взорвался) компрессор левого двигателя. Лопатки и части колеса компрессора пробили крыло, фюзеляж и перебили проводку управления. Летчику удалось снизиться до 3000 м, после чего экипаж катапультировался. Летчик и оператор приводнились в 180 м от берега острова Лузон Филиппинского архипелага. Местный рыбак поднял их на борт своей шхуны.
В общей сложности с аэродрома Кадена разведчики совершили 2410 самолето-вылетов. Местные жители прозвали черные самолеты “Хабу” — именем местной гадюки. Прозвище прижилось и экипажи стали наносить на кили стилизованное изображение змей.