После боя Сенявин пошел на выручку своей базы — Тенедоса, которая героически держалась в борьбе с численно превосходившими силами противника. Турецкая же эскадра 26 июня вошла в Дарданеллы и более уже не выходила из пролива. Русский флот завоевал господство на море.
Непосредственным политическим результатом Афонской победы было обращение турецкого правительства с предложением начать переговоры о перемирии. В августе эти переговоры закончились заключением перемирия.
Поражение на море явилось главным фактором, который вынудил Турцию пойти на перемирие с Россией. Заметим, что эффект от поражения был такой, что даже в 1812 году, когда доселе непобедимый Наполеон напал на Россию — Турция предпочла сохранять нейтралитет (как и Швеция), что значительно усложнило положение Наполеона.
Сенявин одержал блестящую победу над турками. Но заключение Тильзитского мира не позволило русской эскадре использовать результаты своей победы. 23 августа Сенявин получил предписание прекратить военные действия и немедленно передать Ионические и Далматинские острова и провинцию Каттаро Франции, а Тенедос — Турции и возвращаться в Россию. Таким образом, из-за ряда поражений русской армии в Европе, во многом — из-за личного бездарного вмешательства императора Александра в дела генералитета, все завоевания Ушакова и Сенявина, все территориальные приобретения и вспыхнувший луч надежды для славянских народов (которые приносили в своих православных храмах присягу перед Сенявиным «на верность православному царю») были отданы Франции, Австрии и Турции. Достаточно сказать, что за восхитительные победоносные действия флота в Средиземноморье ни один (!!!) офицер или матрос не был награжден орденом Св. Георгия. Этими действиями Александр ясно указывал Флоту на его место — место унижения и постыжения. Современники считали, что таким несправедливым, мягко говоря, отношением к флотскому триумфу Александр просто скрывал свою зависть и обиду за армию, к которой благоволил, но которая терпела в это время поражение за поражением…
Во исполнение нового императорского приказа Сенявин отправил находившиеся в его распоряжении суда Черноморского флота (5 линейных кораблей, 4 фрегата, 4 корвета и 4 брига) и 20 захваченных судов под командованием капитан-командора Салтанова в Севастополь. Эскадре капитан-командора Баратынского, находившейся в Венеции, было приказано идти в Балтику. 19 сентября эскадра Сенявина, в числе десяти линейных кораблей и трех фрегатов, вышла из Корфу для следования в Россию. Сенявин был предупрежден о возможности войны с Англией, которая и разразилась вскоре (1807–1812).