Четыре дня спустя, 10 декабря 1944 года, Петер снова поднялся в воздух. На сей раз, это был не обычный (если такое слово применимо) испытательный полет. Много высокопоставленных чинов RLM, Люфтваффе и национал-социалистической партии прибыли на аэродром, чтобы посмотреть на Не 162. Петер продемонстрировал на прототипе стремительный взлет, несколько разворотов и приступил к проходам над аэродромом на малой высоте, шасси было убрано. Во время одного из проходов, на высоте 100м при скорости 735 км/ч. произошла катастрофа. Плохо закрепленная передняя кромка правой консоли крыла отошла от переднего лонжерона, что привело к сильным вибрациям и отрыву элерона. Самолет перешел в неуправляемое вращение с большой перегрузкой, не позволившее Петеру воспользоваться катапультой. Оторвавшиеся элементы конструкции крыла снесли правую шайбу вертикального оперения, что ещё больше ускорило вращение машины. Затем начала отрываться левая консоль крыла и истребитель перешел в пикирование, которое закончилось взрывом на замерзшей земле. Флаг-капитану Петеру, который работал на фирме Хейнкель летчиком-испытателем с 1940 года, было всего 32 года.
Катастрофа Не 162 VI (VI+IA) была заснята на пленку, кадры которой были подробно изучены экспертами. Конечно. RLM не пришло в восторг от этого происшествия, но уже слишком много времени, сил и средств было вложено в разработку Не 162, чтобы заменить его другим самолетом. Кроме того, все понимали неизбежность материальных и человеческих потерь при столь стремительных темпах создания машины -ведь испытания новых самолетов, даже не такой революционной конструкции, всегда сопровождались авариями и катастрофами.
Расследовавшие этот инцидент специалисты EHAG указали на две главные причины происшедшего: во-первых, нарушение технологии при сборке деревянных элементов конструкции крыла и, во-вторых, дефекты в аэродинамике крыла, которые не были обнаружены при испытаниях в аэродинамической трубе. В ходе расследования были проведены дополнительные продувки моделей в аэродинамической трубе около Гамбурга, при этом изучалась картина обтекания в районе законцовок крыла и элеронов.
Первоначальный энтузиазм по поводу необычайно быстрых разработки и постройки «Народного истребителя» значительно спал, особенно у представителей Люфтваффе. Однако, проектирование продолжалось и главным противником было время. Программа производства уже достигла той стадии, когда невозможно было внести существенные изменения в конструкцию. Постройка прототипов также была в завершающей стадии, но после гибели Петера летчики-испытатели не стремились занять место в кабинах этих самолетов. Поэтому Эрнст Хейнкель предложил застраховать жизнь выбранных для испытании Не 162 пилотов – Шука, Ведемейера, Кемнца и Бадера - на 80 000 рейхсмарок. Но второй прототип (W.Nr.200002) пришлось поднимать в воздух самому техническому директору EHAG Карлу Франке. Первый полет опытного истребителя (VI+IВ) состоялся 22 декабря 1944 года. Позднее в этот же день назначенный шеф-пилотом Пауль Бадер тоже совершил вылет на новой машине.