Однако значительно более острыми оказались проблемы внутренней безопасности Советского Союза. Далеко не все жители присоединенных стран и районов желали войти в число его граждан, что предопределило возникновение в их среде обширной вербовочной базы для иностранных разведывательных служб. Это явлением было особенно характерно для Эстонии, Латвии, Литвы, Карелии и в несколько меньшей степени — для западных районов Белоруссии, Украины и Молдавии. Прибалтийцы потеряли независимость своих государств и при этом отнюдь не питали иллюзий по поводу будущего счастливого существования в составе семьи советских народов. Их мнение укреплялось квалифицированной пропагандой и традиционно прозападной ориентацией всего образа жизни и политики. Вследствие воздействия этих факторов вместе с подавляющим большинством нейтрального или пассивно недовольного населения в новых республиках оказалось немало активных борцов с советской властью, либо входивших в состав подпольных националистических группировок, либо пополнивших собой вербовочный контингент германской разведки. Кроме того, проведенная на присоединенных территориях чистка антисоветских элементов, которой подверглись государственные служащие, предприниматели, землевладельцы, священники, офицеры, полицейские и интеллигенция, не могла не усугубить недовольство новым режимом. Это скажется немного позднее, после вступления СССР во Вторую мировую войну, которую ожидали по обе стороны границы. Перечисленные категории людей возлагали особые надежды на скорое начало советско-германской войны и первоначально активных действий не разворачивали. Поэтому до июня 1941 года НКВД редко сталкивался с диверсионно-террористическими действиями националистического подполья, а чаще занимался ликвидацией действовавших там иностранных агентурных сетей. Список разгромленных нелегальных организаций все же достаточно обширен, хотя в настоящее время, вероятно, уже невозможно выяснить, какие из них действительно существовали, а какие были созданы фантазией и служебным рвением следователей. Официальная история утверждает, что ликвидации подверглись “Шауляйский батальон смерти”, “Комитет свободной Аитвы”, “Фронт литовских активистов”, “Гвардия обороны Литвы”, “Комитет спасения Литвы”, “Стражи отечества”, “Военная организация освобождения Латвии”, “Латышский национальный легион”, “Латвийское народное объединение”, “Легионерское движение Востока”, “Комитет спасения” и другие.
Особую категорию противников режима на вошедших в состав СССР бывших польских территориях, ставших теперь составными частями БССР, УССР и ЛитССР, составляли участники польского Союза вооруженной борьбы (ЗВЗ) и некоторых других подпольных организаций. Этим лишившимся родины людям было абсолютно нечего терять, а зачастую и нечем больше заняться, и они представляли немалую опасность ввиду своей сплоченности, дисциплинированности, решительности и высокого боевого духа. НКГБ СССР успешно использовал против ЗВЗ внедренных агентов, число которых достигало 22 человек, что с сентября 1939 по июнь 1941 года позволило арестовать не менее 5,5 тысяч поляков, значительная часть которых, судя даже по польским источникам, действительно входила в подпольные группы. Обстоятельства, приведшие к вводу войск на бывшие польские территории, оказались для советского руководства несколько неожиданными, и приготовления к нему проходили в большой спешке. 8 сентября 1939 года появился приказ наркома внутренних дел СССР № 001064 о введении дополнительных штатов оперативных работников на западной границе. В соответствии с этим из белорусских, украинских, московских, ленинградских чекистов и пограничников были спешно сформированы 10 оперативно-чекистских групп, 4 из которых находились в подчинении Западного особого военного округа, 5 — Киевского особого военного округа (фронта), а одна сохранила центральное подчинение. Численность групп колебалась от 40–55 человек в ЗВО до 50–70 в КВО, им придавались армейские батальоны численностью по 300 человек. Группы делились на подгруппы по 7 — 12 человек, каждой из которых ставилась самостоятельная задача, главным образом захват архивов государственных, полицейских и разведывательных структур. Еще 15 сентября предназначенные для ввода в Польшу оперативно-чекистские группы получили указание о производстве арестов ряда категорий местного населения и организации сетей агентов и информаторов для наблюдения за подучетным контингентом, выявления подпольных антисоветских и контрреволюционных организаций, планирующих использование террора, диверсий и саботажа, а также помощи в налаживании политической жизни на новых территориях. Однако самый первый удар был нанесен ими по точкам КОП, заблаговременно выявленным пограничной разведкой. Объем работы в присоединяемых областях оказался крайне велик, поэтому уже 21 сентября в ответ на запросы Меркулова и Серова в них были введены дополнительно сформированные опергруппы общей численностью 700 человек. Все это позволило начать “чистку” антисоветских элементов, к которым были отнесены: