С этого времени наступил действительный раскол Организации украинских националистов, после которого началось создание параллельных экзекутив и приостановление прав отдельных руководителей. Оба крыла жестоко враждовали и приговаривали к смерти активных участников противоположных фракций, что в 1940 году повлекло гибель множества сторонников Мельника и Бандеры. Обеим сторонам срочно требовалась внешняя поддержка, найти которую можно было только в Германии. В дальнейшем Мельник и его приверженцы ставили себе в заслугу незначительность своих контактов с немцами, однако это произошло исключительно из-за того, что абвер и СД не проявили особого интереса к ПУН, и его члены оказались невостребованными. Зато руководители РП ОУН сразу же сделали ставку на немцев и, как выяснилось в середине 1941 года, жестоко просчитались. ОУН в целом была готова принять любую иностранную помощь, но расценивала ее лишь как средство достижения собственных целей без всяких дальнейших политических уступок поддерживающей стороне, которой перед Второй мировой войной являлась Германия. Немцы, однако, имели на этот счет совершенно иные планы, о которых украинские националисты пока лишь смутно догадывались. Такое заблуждение характерно для практически любой подпольной организации, а в ситуации с ОУН оно еще и подпитывалось действиями Ярого. По данным некоторых исследователей, сам Бандера числился агентом абвера, назывался даже его псевдоним “Сера”, но, в отличие от данных о Мельнике, эта информация вызывает крайнее сомнение, а псевдоним, скорее всего, является отголоском подпольной клички, в соответствии с которой в документах ОУН он часто упоминался как “Бандера-Серый”, точно так же, как и Ярослав Стецько-Карбович. Достоверно известно, что председатель РП ОУН с нетерпением ожидал начала советско-германской войны, чтобы провозгласить в захваченном Львове правительство независимой Украины. Любопытно, что в период войны роли распределились совершенно иначе. Хорошо относившийся к немцам Мельник практически отказался сотрудничать с ними, а вот его соперники неоднократно прибегали к помощи абвера и СД.
К рассматриваемому времени относится этап активизации СБ ОУН, в первую очередь использовавшей для своего становления помощь спецслужб рейха. В частности, с немецкой помощью в оккупированном Кракове в конце 1939 года была организована школа подготовки кадров для СБ, главным образом для работы против Советского Союза. Практически сразу же после раскола ОУН Бандера распорядился создать в составе центрального аппарата своей организации Службу безопасности (СБ), в первую очередь ориентированную на террористические акты против мельниковцев. Новый оперативный орган возглавил Микола Лебедь, его заместителем был назначен Микола Арсенич (“Михайло”, “Григор”), со временем принявший руководство службой. Оба они считались самыми жестокими деятелями в окружении Бандеры и до некоторого периода сосредоточивались в основном на межфракционной борьбе в ОУН. Борьба эта велась как путем раскола и дискредитации противников, так и их физического уничтожения. Мельниковцы старались не отставать, и до середины 1941 года в обеих фракциях ОУН были уничтожены не менее 600 человек, треть из которых приходится на приверженцев Бандеры.
Однако деятельность СБ ОУН отнюдь не ограничивалась межфракционной борьбой. Ее руководящие документы относили к главным противникам СССР, Польшу, Румынию и Венгрию. В 1940 году к основным задачам Службы безопасности были отнесены:
— борьба за здоровое моральное состояние в ОУН;
— противодействие разведывательно-подрывной деятельности вражеских спецслужб и их агентуры;
— выполнение некоторых функций судебной власти, в первую очередь исполнительных;
— обеспечение личной безопасности членов ОУН и их имущества;
— создание разведывательных позиций во враждебном окружении в целях ведения разведки, совершения диверсий и провокаций.
Весьма широко была развита агентурно-осведомительная сеть ОУН. На связи у районного референта СБ насчитывалось от 5 до 20 постоянных негласных сотрудников, часть из которых использовалась в целях подготовки антисоветского восстания на территории Западной Украины.