Помимо боевой деятельности, Советский Союз вел в Синьцзяне широкомасштабную оперативную работу. В ноябре 1935 года в Разведупре был сформирован специализировавшийся на действиях именно в этом регионе 9-й (монголо-синьцзянский) отдел. Он пребывал в составе разведки по сентябрь 1939 года, после чего был выведен из нее и напрямую подчинен генштабу в качестве Отдела специальных заданий. НКВД тоже не остался в стороне, и с февраля 1937 года по 1939 год в составе ГУПВО существовал отдел по разведке в Синьцзяне и других провинциях Китая. В его задачи входило оперативное обслуживание синьцзянской, монгольской и тувинской колоний и представительств в Москве, а также руководство группой инструкторов. В Синьцзяне действовали 8 из 12 “легальных” резидентур советской внешней разведки в Китае, располагавшихся в Урумчи, Кульдже, Чугучане, Шара-Сумэ, Хами, Кашгаре, Хотане и Аксу.
В регионе вела активную подрывную деятельность Япония, как всегда, масштабно замахивавшаяся на создание марионеточного “Великого дунганского государства Северо-Запада”. Она располагала большим количеством агентуры из числа дунган, уйгуров, русских эмигрантов и мусульман различных национальностей. Интересы британской и японской разведок в Синьцзяне скрестились в борьбе за влияние на командира 6-й уйгурской кавалерийской дивизии Мамута Сиджана. Он никак не мог решить, на кого ему выгоднее опереться после того, как весной 1937 года восстал и увел свою дивизию в крепость Янги-Гиссар, а затем захватил города Меркет и Файзабад. К восставшим присоединилась и 36-я дунганская кавалерийская дивизия. Мятежный генерал активно укреплялся, уничтожал ставленников центрального правительства и провозгласил войну “за ислам, против урумчийского правительства и советского влияния на юге Синьцзяна”[381]
. Губернатор немедленно вспомнил о своих советских связях и вторично обратился к СССР за помощью. На этот раз РККА не участвовала в операциях, все решили несколько полков войск НКВД, усиленных артиллерией, бронемашинами и авиагруппой. Они находились в провинции с июля 1937 по январь 1938 года и успешно подавили восстание Мамута Сиджана. Описанные события послужили началом долгой и трагической борьбы народов Синьцзяна и Тибета за независимость, в ходе которой жестоко подавляемые правительством при помощи СССР повстанцы вели ожес-точеную партизанскую борьбу. Несмотря на помощь англичан оружием и снаряжением, в послевоенные годы они были полностью разгромлены всей мощью многомиллионных вооруженных сил Китая.Подавление восстания 1937–1938 годов не просто сорвало планы Японии по отторжению Синьзцяна, но и создало ей немало чисто военных проблем. В 1937 году через эту провинцию была проложена автомобильная трасса Сары-Озек — Ланьчжоу (“Z”), по которой осуществлялись поставки военных грузов для китайского правительства. Охрана и обслуживание трассы возлагались на части Красной Армии и НКВД, переодетые в китайскую военную форму и маскировавшиеся под русские эмигрантские отряды. Эта деятельность была прекращена после изменения позиции Шэнь Шицая и его отхода от союза с СССР. Губернатор сделал ставку на англичан и американцев и полностью вышел из-под советского влияния, после чего в конце 1941 года репрессировал сторонников сохранения отношений с Советским Союзом и 5 октября 1942 года потребовал от Москвы вывести войска из Синьцзяна.