В течение первого года войны Оперативный разведывательный центр влачил довольно жалкое существование. Без первичной информации никакая аналитическая работа немыслима, а в описываемый период ОИЦ практически был лишен источников, позволяющих делать выводы о перемещениях вражеских надводных кораблей и подводных лодок. ПШКШ еще не вскрывала шифры противника, в плачевном состоянии находилась авиационная разведка, агентурный аппарат только предстояло создать, и разведчики, а с ними и флот, блуждали впотьмах. В начале 1940 года лучшим источником информации о германском флоте являлся агент МИ-6, торговавший чулками на черном рынке, друживший с некоторыми почтовыми чиновниками и потому способный устанавливать адреса отдельных кораблей, на которые доставлялись письма. Первоначальные успехи были достигнуты с помощью станций радиоперехвата “Y”. Даже не дешифрованные сообщения несли в себе немало информации, в частности это касалось идентификации единиц флота. На любом крупном корабле или подводной лодке обязательно имелся постоянный опытный радист с устоявшимся почерком, по которому его работу можно было опознать и тем самым определить позицию корабля. Информация стала поступать по крупицам от немногочисленных военнопленных, с которыми англичане работали вполне профессионально, от налаживавшейся системы корабельных наблюдателей, от растущего агентурного аппарата СОЕ и отчасти МИ-6. Но, конечно, без вскрытия шифров “Энигмы” ОИЦ никак не смог бы достичь такого уровня работы, при котором он в середине войны почти безошибочно определял примерную позицию каждого немецкого и итальянского надводного корабля и большинства подводных лодок. Центр стал одним из основных британских органов ведения войны. Забота о его безопасности была столь сильна, что в занимаемые им помещения не имел права входить даже первый лорд Адмиралтейства (не путать с первым морским лордом — командующим флотом метрополии). ОИЦ закончил войну весьма эффектно. Последняя атака германской подводной лодки была зафиксирована 7 мая 1945 года, после чего все они стали на прикол. Однако активно циркулировали слухи о бегстве Гитлера и его ближайших сподвижников в Аргентину на субмарине, и тогда за выяснение этого вопроса взялся руководитель ОИЦ Норман Деннинг.
После недолгой работы с пленными офицерами штаба кригсмарине он предоставил список всех имевшихся у Германии в ходе войны 1170 подводных лодок, начинавшийся с U-1 и заканчивавшийся U-4712. Против каждой из них были указаны координаты места потопления либо место нахождения после поражения Германии, и стало ясно, что исчезнувших лодок, на которых можно было бы скрыться, просто нет.
В отличие от командования сухопутными войсками и авиацией, Адмиралтейство непосредственно руководило всей войной на море, поэтому морская разведка по сравнению с армейской (ДМИ) и авиационной (АИ) была намного более боевым подразделением. На пике своей численности в 1943–1944 годах НМД насчитывал примерно две тысячи человек штатного состава, распределенных по 20 отделам. Разведка Адмиралтейства была одним из инициаторов захвата Исландии, являвшейся в тот период частью территории оккупированной нацистами Дании. Операция прошла 10 мая 1940 года быстро и бескровно, при этом был схвачен не успевший уничтожить секретные документы и шифры германский консул, а также несколько находившихся на острове резервных экипажей германских подводных лодок. Зимой 1939/1940 годов организационная структура морской разведки была пересмотрена. Многочисленные функциональные и оперативные секции были сгруппированы под началом трех помощников (ADNI) и одного заместителя (DDNI) директора разведки. При этом под началом последнего оказались подразделения, отвечавшие за связь с СИС, за безопасность, за техническую разведку, а также географические секции. Несколько позднее, в мае 1940 года четыре управления были реорганизованы в аппараты двух заместителей директора по внутренним и внешним вопросам, соответственно обозначавшихся DDNI(H) и DDNI(F).
Важной задачей НИД являлся контроль за безопасностью собственной связи, возложенный на 10-й объединенный (разведка и связь) отдел. Наиболее примечательное событие в его деятельноести произошло 4 апреля 1940 года, когда после морского боя на норвежский берег выбросился эсминец “Харди”. На борт корабля поднялись немцы и, хотя не было установлено, захватили ли они секретную документацию по связи и шифрам, сотрудники 10-го отдела сочли риск неоправданно высоким. Вся радиосвязь на флоте срочно прекратилась до замены документов на более надежные, и на некоторый период времени это почти парализовало морские операции.