Возвращаясь к 1939 году и теме картотеки, следует отметить, что в течение первых трех месяцев войны она оказалась наиболее слабым звеном в организации работы МИ-5. Центральный аппарат Службы безопасности переехал в помещения тюрьмы “Уормвуд-Скрэбс”, что оказалось весьма неудачным решением. Помимо того, что новые здания абсолютно не были приспособлены для надобностей контрразведки, значительный урон понесла секретность. Отмечены случаи, когда кондукторы в лондонских автобусах объявляли: “Остановка — тюрьма. Служба безопасности”. Картотека не справлялась с лавиной поступавших от оперативных подразделений запросов и буквально захлебывалась в них, еженедельное число запросов на проверку достигало 8200. Одни и те же дела одновременно требовались работникам различных секций, папки оседали в подразделениях, что лишало остальных доступа к ним. Основная причина такого плачевного положения заключалась, безусловно, в нехватке не помещений, а персонала, но ограниченность бюджетного финансирования не позволяла увеличить штат. Кроме того, сохранность картотеки уже несколько лет вызывала опасения ответственных за нее сотрудников МИ-5, настаивавших перед Келлом на необходимости дублирования данных. Для этого требовались дополнительно затратить приблизительно 4 тысячи фунтов, которых у контрразведки просто не было, хотя перед началом войны досье понемногу все же начали копировать. После гибели оригиналов в пожаре 1940 года выяснилось, что из-за неправильного экспонирования негативы были абсолютно непригодны к использованию. Последствия этого и в самом деле оказались губительными. Любая контрразведывательная служба в своей деятельности главным образом опирается на агентурный аппарат и информационно-справочную картотеку, и теперь второе основное звено Службы безопасности оказалось полностью и безвозвратно утраченным.
В ноябре 1940 года у МИ-5 наконец появился новый директор. По предложению Мензиса им стал Дэвид Петри, с 1924 по 1931 год возглавлявший Индийскую политическую разведку. Он устраивал руководителя СИС своей дружбой с начальником его внешней контрразведки Валентином Вивианом, и таким ходом опытный аппаратчик сразу же снял все возможные в будущем проблемы взаимодействия МИ-6 с МИ-5. Одновременно Харкер был уже вполне официально назначен заместителем директора. После успешной реорганизации и прихода нового руководства Черчилль решил, что пришло время ограничить права “Комитета Суинтона”, его глава в июне 1942 года был откомандирован в Африку и заменен министром информации Даффом Купером. “Исполнительный орган безопасности” исполнил свою важную роль и дальнейшем никогда уже не обладал прежним полным контролем над контрразведкой.
Особого упоминания заслуживают вопросы радиоконтрразведки. Как известно, к началу войны Великобритания располагала Службой радиобезопасности (РСС), обслуживавшей МИ-5, но находившейся на бюджете военного ведомства. Кроме того, в эфире несли постоянную радиовахту десятки добровольных помощников-радиолюбителей, готовых перехватывать сигналы вражеских передатчиков. От них поступало множество сообщений, но все они, за одним исключением, оказывались ложными, поскольку запеленгованные станции являлись британскими, а единственным зафиксированным радиолюбителями вражеским передатчиком стала и без того хорошо известная контрразведке рация “Сноу”. Однако эта акция имела другое большое значение: добровольные помощники засекли сигналы абверовского ретранслятора, располагавшегося на крейсировавшем в Северном море германском судне “Тезеус”. Прослушивание его радиообмена дало возможность перехватить сообщения агентов германской разведки из Норвегии, направленные потом для обработки в криптоаналитические подразделения. Одновременно с добровольными помощниками сигналы с “Тезеуса” зафиксировали и операторы РСС, в инициативном порядке сканировавшие эфир в поисках раций, работа которых напоминала бы гамбургскую станцию абвера, к которой поддерживал связь “Сноу”. Весной 1940 года такой подход позволил перехватывать множество впоследствии дешифрованных сообщений от германской агентуры в Нидерландах, Бельгии и Люксембурге, сообщавших своему командованию информацию об укреплениях, дорожных пробках и перемещениях воинских контингентов. После падения Франции РСС установила, что в Ла-Манше и Атлантике начали нести радиовахту еще несколько судов, подобных “Тезеусу” и поддерживающих связь с Шербуром, Брюсселем, Парижем и станциями в рейхе.