Специфика работы отделов “СМЕРШ” в различных войсках НКВД была неодинаковой. Пограничные войска считались наиболее благополучными ввиду самой жесткой системы отбора направлявшихся в них призывников и военнослужащих, поэтому в них процент дезертиров, преступников и иного ненадежного элемента был относительно низок. Внутренние войска представляли собой уже намного менее спокойный контингент, в котором нередки были случаи резкого снижения морально-политического уровня, пораженчества, грабежа населения и иных нарушений законности и воинской дисциплины. Еще хуже выглядели железнодорожные и промышленные войска, комплектовавшиеся в основном по остаточному принципу, а уж конвойные войска являли собой весьма неприглядную картину. В них системой стали случаи мародерства, самовольных расстрелов военнопленных и задержанных, отбирания продовольствия и имущества заключенных, сговоры с заключенными с целью организации побегов, убийств гражданского населения и прочих преступных действий. Неблагополучное состояние конвойных войск стало главной проблемой органов “СМЕРШ” НКВД, не нашедшей решения не только в период войны, но и в течение многих лет после ее окончания.
Как уже указывалось, заградительные мероприятия постепенно уступали ведущую роль оперативным, вследствие чего основным средством борьбы с разведывательными службами противника стал агентурно-осведомительный аппарат, а наивысшим достижением в этой области являлись легендированные агентурные разработки и радиоигры. К рассматриваемому периоду структура оперативных органов противника на Востоке устоялась и заметно укрепилась. Уже в 1942 году в разведшколах абвера одновременно проходили подготовку до 10 тысяч курсантов, в основном из числа советских военнопленных. При этом существенно улучшилось качество их подготовки, ставшее ответной мерой на участившиеся провалы разведывательно-диверсионных групп и одиночных агентов в районах расположения частей Красной Армии и в ее тылу. В период с мая по ноябрь 1943 года открылись 13 новых разведшкол, а всего количество действовавших на Восточном фронте разведорганов Германии по сравнению с предыдущим периодом увеличилось в полтора раза. С начала отступления вермахта отмечается широкое использование в агентурных кадрах, наряду с военнопленными, местных румын, венгров и немцев, оставшихся в населенных пунктах после отхода фронта на Запад. Достаточный запас времени позволял абверу и впоследствии СД тщательно готовить резидентуры, оставлять для них хорошо оборудованные опорные базы и снабжать агентуру прочными легендами.