В ночь с 27 на 28 февраля 1944 года, в Гуту Пеняцкую прибыл курьер Инспектората, который передал, что в направлении деревни движутся вспомогательные части 14-й дивизии СС «Галичина». Вместе с тем, курьер передал рекомендации Инспектората, предписывавшие свернуть оборону, спрятать оружие, мужчинам покинуть деревню, а также приготовить укрытия для оставшихся жителей. В связи с этим, во многих хозяйствах и хозяйственных постройках были приготовлены укрытия. Подобного рода рекомендации и предпринятые в связи с этим действия были продиктованы убеждением, что приближающиеся части будут проводить проверку деревни с целью возможного обнаружения хранившегося у жителей огнестрельного оружия или же выяснения обстоятельств оказания помощи партизанам. Подобная операция имела место несколько дней назад в соседней деревне Майданы, где прибывший в деревню отряд полицейского полка, осуществил задержание мужчин, которые были затем подвергнуты допросам для выяснения указанных обстоятельств. После окончания допросов всех задержанных освободили.
В ранние утренние часы Гута Пеняцкая была окружена армейской частью численностью в нескольких сотен человек (в свидетельствах упоминается цифра 500–600 солдат). Солдаты были одеты в белые маскировочные комбинезоны и общались между собой на украинском языке, а их командиры, в свою очередь, говорили по-немецки.
Как следует из сообщений свидетелей, солдат сопровождали украинские националисты, как члены Украинской Повстанческой Армии (сотня под командованием Дмитро Карпенко, псевдоним «Яструб»), так и жители близлежащих деревень. Сигналом к началу карательной операции в деревне был залп ракет. В первой фазе нападения атакующие обстреляли строения, находившиеся на окраине деревни. Атака привела к тому, что часть жителей укрылась в заблаговременно подготовленных убежищах. Ворвавшись в деревню, нападавшие начали обыскивать строения с целью обнаружения укрывавшихся жителей, которые под конвоем были препровождены в находившиеся в центре деревни костел и школу. В ходе следствия свидетели показали, что, закончив сгонять население в костел и школу, нападавшие начали обшаривать покинутые здания и грабить оставленное имущество. Затем постройки были подожжены. В связи с тем, что в укрытия, расположенных в подожженных постройках, находилось местное население, часть нападавших расположилась вблизи горящих построек, ожидая возможного побега скрывавшихся там лиц. Как показали свидетели, нападавшие, которые ждали вблизи подожженных строений, застрелили большинство из тех, кто предпринял попытку к бегству. На основе сообщений свидетелей установлено, что один из преступников совершил убийство новорожденного, появившегося на свет во время пребывания потерпевших в костеле. Кроме того, установлено, что одна из пожилых женщин в ходе конвоирования была смертельно ранена штыком. После захвата деревни и блокирования ее жителей в школе и костеле, нападавшие приступили к допросам задержанных поляков. Из числа собранных в костеле и школе жителей вызывали отдельных лиц, были подвергнуты допросам рядом с костелом на предмет пребывания в деревне советских партизан, укрывания лиц еврейской национальности, оказания помощи раненым партизанам. В ходе допросов применялось физическое насилие в виде нанесения ран и побоев по всему телу. Отбор допрашиваемых позволяет предположить, что преступники располагали сведениями относительно руководства и личного состава отряда самообороны, а также места, где скрывались советские партизаны.
Установлено, что командир местного отряда самообороны Ка-зимеж В. был облит преступниками легковоспламеняющейся жидкостью и подожжен, что привело к его смерти. В ходе допроса было совершено убийство Владислава Б., члена отряда самообороны, который был ранен в ходе стычки 23 февраля 1944 года. Установив, что Войцех Ш. укрывал в своем доме одного из раненых советских партизан, его подвергли жестокому допросу, а затем облили бензином и подожгли, что стало причиной его смерти. В одном из укрытий, находившихся на территории деревни, нападавшие нашли раненых советских партизан, которые, как указывают свидетели, были немедленно застрелены.