Описанные действия совершили солдаты в мундирах СС, под командованием офицера в звании капитана, говорившего на немецком языке. Около 14 часов нападавшие начали выводить жителей деревни из костела и школы. Отдельные группы насчитывали 20–50 человек, в том числе стариков, женщин и детей, а также мужчин. Каждая группа конвоировалась отрядом до 20 солдат, которые уверяли задержанных, что те вскоре будут освобождены. В первую очередь вывели женщин и детей. Последней вывели группу мужчин и молодежи, которых в свою очередь проинформировали, что они будут вывезены в III Рейх на принудительные работы. Указанные группы препровождались в деревянные овины и другие хозяйственные постройки, находившиеся в различных владениях на небольшом расстоянии от центра деревни. Эти постройки одна за другой поджигались при помощи заранее заготовленной легковоспламеняющейся субстанции с использованием факелов, а удерживаемые блокировались так, что покинуть строение было невозможно. Как в ходе конвоирования, так и во время описанных выше преступных действий, были совершены убийства ряда лиц, которые предприняли попытку к бегству или оказали какое-либо сопротивление. Только немногим удалось бежать. На основании показаний допрошенных по делу свидетелей, а также на основе доступных источников исторических публикаций, установлено, что число жертв описанных действий составило от 700 до 1500 человек. Следует заметить, что Гута Пеняцкая в то время насчитывала 172 хозяйства и около 1000 жителей — при том, что это число не включает проживавших там в то время жителей окрестных деревень. В ходе следствия установлено, что от погрома спаслись около 160 человек. Предпринятые действия, направленные на установление фактического числа жертв, с опорой на показания свидетелей, документальные источники и исторические исследования, однако, не дали возможности установить в этом деле окончательную точную цифру. Собранный по данному делу доказательный материал указывает, что в результате погрома погибло около 850 человек.
Следует подчеркнуть, что постройки, покинутые жителями Гуты Пеняцкой, были дочиста ограблены, а затем подожжены. Эти действия, как следует из показаний допрошенных по делу свидетелей, проводили главным образом украинские националисты, сопровождавшие солдат СС. В результате вышеизложенного, разрушению подверглись практически все строения Гуты Пеняцкой, за исключением зданий костела и школы. Нападавшие оставили Гуту Пеняц-кую около 17 часов, забрав с собой награбленное имущество.
На следующий день в Гуту Пеняцкую прибыли оставшиеся в живых жители, а также группа лиц, населявших соседние деревни. Прибывшие оказали помощь раненым, а также похоронили умерших в двух братских могилах, находившихся рядом с костелом и зданием новой школы, в котловане, служившего ранее для хранения извести. Данные факты были установлены на основании показаний и свидетельств лиц, которые лично участвовали в описанных выше действиях, и точно описали место захоронения. В послевоенный период эксгумация жертв расследуемого преступления не проводилась. По окончании Второй Мировой войны оставшиеся здания были разобраны, а территория заброшена. Эта территория до сего дня не была застроена.