Кодекс D также не фигурирует в дарственной Арконати от 1637 года. Считается, что он был получен от Арконати в обмен на Кодекс Тривульцио, когда через несколько лет тот обратился в Амброзиану с просьбой вернуть его назад. Том включает 5 согнутых пополам листов и содержит 20 страниц, из которых 4 страницы остались незаполненными и не несут никаких пометок или нумераций, сделанных либо Франческо Мельци, либо Помпео Леони. В книге не проставлены точные даты, но историки, после сравнения ее содержания, рисунков и стиля изложения с другими кодексами, относят время ее составления к 1508–1509 годам. Она написана ровным, аккуратным почерком, что позволяет считать этот кодекс копией предшествующих записей. Большинство аргументов относится к зрению и строению глаза, Леонардо приводит результаты личных наблюдений и анатомических исследований и сравнивает их с теориями старых авторов, таких как Аристотель, персиянин Авиценна, Ибн аль-Хайсам и Лоренцо Гиберти. Речь идет об исследованиях, которые возвращают нас к Кодексу F, в котором уже излагалась теория, согласно которой зрение связано с поступающими в глаз лучами, исходящими от любых предметов. Помимо этого приводится описание опытов с камера-обскура и с реконструкцией строения глаза со стеклянными шарами. За ними следует утверждение о расширении зрачка в зависимости от интенсивности падающего света, а само зрение является результатом двойной инверсии изображения. Все рисунки выполнены пером и чернилами, а использование циркуля в процессе создания рисунка подтверждается наличием проколов на поверхности листа.
Кодекс G (14×10 см), как и кодексы E, F, L и M, практически не претерпел изменений. Первоначально он состоял из 6 тетрадей по 8 двойных листов с нумерацией страниц, сделанных рукой Леонардо. В далеком прошлом из книги были вырезаны три страницы (7, 18 и 31). На задней странице обложки можно прочитать запись: «1510. 26 сентября Антонио сломал ногу. Теперь 40 дней его не будет», относящуюся, возможно, к Джованни Антонио Больтраффио. На второй странице обложки Леонардо записал: «Джулиано Великолепный де Медичи уехал на заре 8 января 1515 из Рима сочетаться браком в Савойю. В этот же день умер король Франции». Вторая фраза написана другими чернилами, по-видимому, замечание о смерти Людовика XII было добавлено позднее. По мнению Джероламо Луиджи Кальви, первая часть этого кодекса заполнялась в 1510–1511 годах, а оставшиеся страницы были написаны в 1515 году, во время римского периода[319]
. В первую часть вошли рисунки и заметки сангиной о законах природы, которые управляют прорастанием семян и ростом растений, далее следуют записи об игре света и тени, бликах света, пробивающегося сквозь листву и переплетение ветвей, причем все эти явления описываются с точки зрения художника. Заметки по ботанике были впоследствии включены Франческо Мельци вГульельмо Либри не обделил своим вниманием и Кодекс Е, из которого он выдрал последнюю тетрадь, считающуюся сегодня утерянной, за исключением одного раздела, с которого прежде Вентури снял копию. Первоначально, как и Кодексы F и G, он включал 96 страниц; их количество было указано Франческо Мельци на первой и на последней странице обложки, что также подтверждается в акте дарения Арконати. На первой странице Леонардо написал: «Я выехал из Милана в Рим 24 сентября 1513 вместе с Джован Франческо де Мельци, Салаи, Лоренцо и Фанфойя». Как уже говорилось, под Фанфойя имелся в виду Агостино Бусти, известный под прозвищем Бамбая. На последней странице стоит другая дата: «В Парма под звон колокола 25 сентября 1514», указывающая на возвращение в Северную Италию. Следовательно, этот кодекс является самым поздним из хранящихся в Париже и, вероятно, был заполнен в промежутке между 1513 и 1515 годами. Главное внимание в кодексе уделяется двум важным вопросам: первый относится к науке о весе (