Кодекс L также является маленькой книжкой, собранной из 6 тетрадей по 8 двойных листов, содержащей 94 страницы, так как первая и последняя страницы были приклеены к обложке. На обратной стороне обложки Франческо Мельци написал: «…бумаг порядком 94, то есть девяносто четыре». Из этого следует, что манускрипт дошел до нас в целости и сохранности и не подвергался сокращениям. Этим кодексом Леонардо пользовался в течение длительного времени, потому что указанные в нем даты охватывают период с 1497 по 1503 год, когда маэстро оставил службу у Чезаре Борджиа. Записи в книге отражают трудный этап в жизни Леонардо: он покидает Милан после прихода французов, уезжает в Мантую, Венецию и, вероятно, в Рим, а потом возвращается во Флоренцию, оставив службу у Валентино. На внутренней стороне обложки написана знаменитая фраза, обращенная к Лодовико Моро: «Герцог потерял государство, все свое имущество и свободу, и ни одно его начинание не осталось законченным». Отдельные заметки в кодексе относятся к живописи, другие к арифметике, к гидравлике, к полету птиц, имеются также рисунки летательных аппаратов. Когда маэстро служил у Чезаре Борджиа в должности «архитектора и главного инженера», как указывалось в подорожной, хранящейся в архиве семьи Мельци, он занимался изучением крепостей и оборонительных сооружений не только в Романье и в области Марке, но и в Пьомбино, входившего тогда во владения Борджиа. Наконец, этот кодекс включает записи на турецком языке, как это удалось установить только в 1994 году, служившие черновым вариантом послания султану Баязиду с проектом однопролетного моста через Босфор.
Кодекс К не входил в число книг, подаренных Арконати Амброзианской библиотеке, а был принесен в дар Орацио Аркинто в 1674 году, на что указывает надпись на латинском языке на первой странице манускрипта. Кодекс являлся частью коллекции Леони и был продан Полидоро Кальки Горацио Аркинто или его отцу. Он имеет вид маленькой записной книжки (10,1×7 см), сшитой из трех тетрадей: К1
, К2, К3, насчитывающих соответственно 48, 32 и 48 страниц. Первые две тетради относятся к 1503–1505 годам и содержат исследования, связанные с полетами птиц и евклидовой геометрией с вычислениями квадратуры круга. В третью тетрадь, заполненную в 1506–1507 годах, вновь вошли штудии по геометрии, анатомии и управлению стоком рек. Первые листы тетради К3 исписаны карандашом, и время сделало записи трудночитаемыми. Только в 1977 году они были подробно транскрибированы с помощью инфракрасных лучей. Таким образом была прочитана известная фраза Леонардо: «Луна плотная. Все плотное имеет вес. На чем держится луна?». То есть: луна является плотной и тяжелой, следовательно, почему она не падает на Землю, считавшуюся тогда центром вселенной?Кодекс F, к счастью, не несет следов повреждений еще со времен Леонардо. По большей части он написан сангиной, которую потом заменили перо и чернила для внесения исправлений и изменений в отдельные разделы. Он составлен из 6 тетрадей по 8 двойных листов и насчитывает в итоге 96 страниц размером (14,5×10,5 см). Франческо Мельци изучал этот том и поставил на первой странице обложки символ квадрата с диагоналями, который встречается в списке рукописей, использованных в качестве источника для составления