Разработка разведчика Е-7Р началась в 1963 году на базе МиГ-21ПФ в соответствии с октябрьским постановлением правительства и приказом ГКАТ от 19 ноября. Для этого требовалось дооборудовать МиГ-21ПФ унифицированными контейнерами с аппаратурой фото и радиотехнической разведки. В том же году ОКБ-155 отправило на завод № 21 эскизный проект машины. Разработка рабочих чертежей и изготовление подвесного контейнера и дооборудование серийного МиГ-21ПФ пришлись на долю конструкторского бюро завода № 21.
Опытный разведчик Е-7 (МиГ-21ПР), предшественник МиГ-21Р
Первые разведчики переоборудовали из серийных МиГ-21ПФМ усилиями серийного № 21 и опытного № 155 авиазаводов. Разведывательная аппаратура была установлена в специальном подвесном контейнере в трех вариантах для дневной, ночной и радиоразведки. В начале 1965 года второй из них с контейнером для дневной фоторазведки передали его на совместные госиспытания. Контейнер был оснащен аэрофотоаппаратом УАФА-47 и фотопатронами, и предназначался для выполнения маршрутной фотосъемки.
Но окончательный облик МиГ-21Р приобрел позже, когда на нем разместили накладной 340-литровый топливный бак. В результате, полый запас топлива во внутренних баках достиг 2800 литров. Тогда же доработали крыло под четыре узла подвески, допускавшие размещение подвесных топливных баков объемом по 490 литров.
По левому борту в носовой части фюзеляж установили датчик угла атаки, информация от которого поступала в автопилот АП-155 и на индикатор, расположенный на приборной доске летчика. Приемник воздушного давления, ранее установленный в плоскости симметрии самолета, сместили вправо, что улучшило обзор летчика. По правому борту фюзеляжа перед кабиной установили резервный приемник воздушного давления. Были и другие, более мелкие изменения.
Бортовая аппаратура разведчика включала также приемник предупреждения об электромагнитном облучении СПО-3, сохранилась РЛС ЦД-30.
Опытный самолет облетали, видимо, в Горьком и в последний день 1964 года предъявили на совместные государственные испытания. А в начале 1966 года сборочный цех горьковского авиазавода покинул головной серийный разведчик МиГ-21Р. Кроме разведывательного оборудования на нем предусматривалось размещение такого же вооружения, как и на истребителе, за исключением пушечной гондолы ГП-9.
В 1966-м завод в Горьком сдал заказчику 66 разведчиков и в том же году перешел на выпуск истребителя МиГ-21С, на который перекочевали крыло с четырьмя узлами подвески и накладной 340-литровый топливный бак.
МиГ-21Р постоянно модернизировались, в частности, на подвижных частях фонарей кабины пилота ставились зеркала обзора задней полусферы Ц-27АМШ. Самолеты комплектовались разведывательными контейнерами, отличавшиеся составом аэрофотоаппаратуры, а также контейнерами с аппаратурой РЭБ на концах крыла.
МиГ-21Р строил завод № 21 в Горьком, как для ВВС Советского Союза, так и на экспорт. Серийное производство продолжалось с 1965-го по 1971 год.
МиГ-21Р широко использовались в ходе войны в Афганистане, в частности, к январю 1980 года на аэродроме Баграм базировалась эскадрилья 87-го отдельного разведывательного авиаполка (орап), включавшая десять машин этого типа.
Кроме них для разведки в Афганистане привлекались МиГ-21Р из 263-й отдельной авиационной эскадрильи тактической разведки (оаэтр), оснащенные контейнерами с ночным или дневным фотооборудованием, телевизионным комплексом ТАРК-2 и аппаратурой радиотехнической разведки. В 1980 году экипажи 263-й оаэтр выполнили 2708 боевых вылетов, позволивших выявить не только пути продвижения и дислокацию моджахедов, но и вскрыть сеть РЛС на территории Пакистана.
Самолеты-мишени
Снимавшиеся с вооружения самолеты МиГ-21ПФ не утилизировали, а переделывали в радиоуправляемые мишени М-21. Разработкой их в Советском Союзе занимались в Казани в конструкторском бюро спортивной авиации (ГСКБ СА, впоследствии ОКБ «Сокол»). С самолетов снимали РЛС ЦД-30, систему управления вооружением и один топливный фюзеляжный бак. Вместо них устанавливали автоматическую систему управления с автопилотом АП-17 (в носовой части фюзеляжа, где раньше располагалась РЛС), аппаратуру активных и пассивных помех, включая кассету с ИК-ловушками, и оборудование для регистрации величины промаха и попадания снаряда. Кроме этого, для внешних траекторных измерений предусмотрели трассер.
Мишень МиГ-21М (М-21) в экспозиции Киевского авиационного музея
Весовые характеристики мишени и ее центровка не отличались от истребителя, но летные данные ограничили почти на 10 %. Так, взлетный вес М-21 не превышал 8400 кг, а скорость на высотах 10–11 км – 1800 км/ч. Мишень можно было применять в диапазоне высот от 50 до 14 400 метров, при этом продолжительность ее полета достигала 1 часа 46 минут. Время подготовки мишени для вылета не превышало 40 минут. М-21 применяли как с грунтовых, так и с бетонных ВПП шириной не менее 40 метров.
Переоборудование мишеней осуществлялось на авиаремонтных заводах.