Для начала последовали меры по полной ликвидации экономической независимости ханства. К сентябрю 1778 г. более 30 тысяч (очень большая, просто огромная цифра для того Крыма!) местных христиан под охраной русских войск Александра Суворова покинули пределы Крыма для расселения на северном берегу Азовского моря. Основной целью этой акции было ослабление и без того слабой экономики ханства. В качестве компенсации потери самых работящих подданных русская казна выплатила крымскому хану 50 тысяч рублей.
Рядовое татарского население Крыма жило практически натуральным сельским хозяйством и скотоводством – татарские низы были источником ополчения, но не источником налогов. Практически все ремесла, торговля и искусство развивались в Крыму благодаря евреям, армянам и грекам, составлявшим налоговую базу ханства. Существовало своеобразное «разделение труда»: армяне занимались строительством, греки традиционно преуспевали в садоводстве и виноградарстве, за караимами закрепились пчеловодство и ювелирное дело. В торговой среде преобладали армяне и караимы.
Крымские христиане в мусульманском ханстве подвергались репрессиям почти при каждом татарском бунте, а также в ходе межклановых столкновений крымских феодалов. Во время недавнего антирусского мятежа 1777 г. христианские общины греков и армян поддержали российские войска, после чего подверглись погромам со стороны татарского населения. Поэтому Петербург обставил увод большей части городского населения Крыма, выражаясь современным языком, как «гуманитарную акцию» по спасению этнических меньшинств. Греки переселялись на территорию нынешнего Мариуполя, а армяне на территорию современного Ростова-на-Дону.
Лишив татарскую знать всех источников дохода – набеги за рабами были уже невозможны, а тут исчезли и налоги с местных христиан – в Петербурге подталкивали крымскую аристократию к нехитрому выбору: или эмигрировать в Турцию или идти за жалованье на службу русской монархии. Оба решения вполне устраивали Петербург.
10 марта 1779 г. в Стамбуле в султанском дворце Айналы-Кавак на берегу бухты Золотой Рог Турцией и Россией была подписана конвенция, вновь подтверждавшая независимость Крымского ханства. Одновременно с подписанием этой конвенции Османский султан, как халиф всех мусульман мира, наконец признала законным ханом Крыма пророссийского Шагин Гирея.
Здесь русские дипломаты обыграли и обманули турок – признавая ещё раз независимость ханства и легитимность действующего хана, Стамбул тем самым признавала их суверенное право на любое решение, в том числе и решение на упразднение ханства и присоединение его к России.
Через два года последовал еще один ловкий и символический шаг – в 1781 г. хан Шагин Гирей был принят в чине капитана на русскую военную службу. Это ещё больше обострило отношения в крымско-татарском обществе, так как большинству татар было непонятно, как самостоятельный исламский монарх может быть на службе у «неверных».
Непрекращающееся в татарском обществе недовольство и непонимание политики Шагин Гирея привели к очередному массовому бунту в Крыму в мае 1782 г., вновь возглавленному многочисленными братьями хана. Шагин Гирей бежал из Бахчисарая в Кафу, а оттуда в Керчь под защиту русского гарнизона.
Турция, как и раньше, пыталась поучаствовать в крымских разборках, однако летом 1782 г. столицу Османской империи почти уничтожил страшный пожар, после которого население Стамбула оказалось на грани голодного бунта. В таких условиях турецкое правительство не могло активно вмешаться в дела Крыма.
10 сентября 1782 г. князь Потемкин пишет Екатерине записку «О Крыме», где уже прямо говориться о том, что настал удобный момент для присоединения полуострова к России:
Мятеж против Шагин Гирея послужил удобным поводом для нового ввода на полуостров русской армии. Солдаты царицы Екатерины вновь взяли Перекоп, разгромили под Чонгаром татарское ополчение, заняли Бахчисарай и пленили большинство татарской знати.
Несостоявшийся «крымский Пётр I» Шагин Гирей начал рубить головы своим братьям и прочим мятежникам. На фоне разбушевавшегося хана пришедшие с ним русские чиновники и генералы выглядели поборниками гуманизма и сторонниками всеобщей амнистии. Русские демонстративно сдерживали гнев хана и даже вывезли часть его обреченных на казнь родственников под охраной в Херсон.