Корея к тому времени стала колонией Японии и переговоры о перезахоронении пришлось вести с властями «Страны восходящего солнца». С 1911 года этим вопросом занимались российский консул Яков Яковлевич Лютш и его помощник Сергей Виссарионович Чиркин. Помимо дипломатов о перезахоронении хлопотали руководители православных миссионеров в Сеуле – архимандрит Павел (в миру – Николай Ивановский), выпускник Восточного института во Владивостоке, и монах Кирилл (в миру – Константин Зигфрид), сын петербургского купца, добровольцем прошедший всю русско-японскую войну и имевший боевые награды.
Именно этим четырём подданным Российской империи, занесённым судьбой в Корею, потомки должны быть благодарны за перезахоронение праха героев «Варяга» в русской земле.
Принципиально вопрос о месте нового захоронения был решён сразу и без сомнений – им становился Владивосток, ближайший к месту последнего боя «Варяга» крупный русский город. После падения Порт-Артура, именно столица Приморья была главной, да и единственной на тот момент, российской военно-морской базой на Дальнем Востоке. Дискуссию вызвал вопрос конкретного места перезахоронения в самом городе.
Изначально предполагалось захоронить прах павших в церкви иконы Божией Матери «Всех скорбящих радость», располагавшейся тогда на окраине Владивостока в конце Маньчжурской улицы (ныне ул. Махалина, 30). Церковь была построена в 1907 году в память о всех погибших в русско-японской войне и, по мнению церковных властей, лучше всего подходила для такого погребения. Однако этот выбор встретил возражения общественности.
Например, корреспондент издававшейся в столице Приморья газеты «Дальний Восток» 23 декабря 1911 года так писал о будущем перезахоронении:
«Из Чемульпо на днях будет привезен во Владивосток прах героев, павших на “Варяге”… Поднят вопрос о перенесении этого праха в церковь на Маньчжурской улице и о погребении его в склепе под полом названной церкви. Не могу я согласится с этим. И не могу вот почему.
Бой “Варяга” и “Корейца” настолько светлое и отрадное явление на общем фоне печальной войны, особенно печальной на море, что боем этим мы смело можем гордиться. Бой был действительно геройский… Но сколько душевных волнений, страданий и тяжелых физических мук, и сколько человеческих жизней положено в основание славы “Варяга”… Именем “Варяга” мы гордимся, памятник “Варягу” явится также нашей гордостью…
Теперь во Владивостоке, где подвиг “Варяга” так жив, хотят перезахоронить прах героев. Над прахом этим будет церковь, принадлежащая корейской духовной миссии. Нет сомнения, что почин миссии в высшей степени симпатичен и заслуживает сердечной признательности. Но разве мы не можем поставить памятник “Варягу” не где-то на Маньчжурской улице, в склепе под полом церкви, а в центре города, над бухтой, на виду всего флота, на виду у всех?.. Неужели нам безразлично, где, какой и когда будет памятник “Варягу”. Неужели один из геройских и красивых моментов прошлой печальной войны не буде увековечен достойным образом?.. Моряки заинтересованы в этом памятнике. Моряков, без сомнения, поддержит и общество…»
В итоге перезахоронить прах павших героев «Варяга» решили не в церкви, а на Морском кладбище Владивостока – самом известном и главном некрополе приморской столицы.
Торжественная церемония переноса праха павших матросов «Варяга» началась в порту Чемульпо в два часа дня 25 декабря 1911 года. Вот как её описывал один из русских очевидцев: «Заблаговременно останки, кости и черепа, были помещены в гробы бархатного дерева (так называемый «Бархат Амурский» или «Амурское пробковое дерево», распространённое на Дальнем Востоке – прим. DV), запаяны в цинковых ящиках и затем помещены в особый вагон, бесплатно предложенный японским правительством доя перевозки праха героев по Корее и южной Маньчжурии до русской станции… Всех гробов с останками 12, число же убитых в героическом бою при Чемульпо было выше 30 человек, но большинство из них были прямо погребены в море… Весь вагон и все гробы старанием русских были украшены цветами, хвоей и венками. Два венка были возложены японцами».
На церемонии присутствовали российские дипломаты, священники русской православной миссии в Корее, представители японских властей и отряд японских солдат, отдавших воинские почести павшим. Присутствовало и множество корейцев, также принесших цветы к траурному поезду.