Первый день диспута прошел без происшествий. Страсти разгорелись 5–7 июля. Экк не собирался углубляться в теорию вопроса. Выполнив несколько риторических пассажей, он начал публичную инквизиторскую атаку. Доминиканец выразил «искреннее удивление» тем, что взгляды, развиваемые доктором Мартинусом, так похожи на взгляды «богемских схизматиков» (то есть последователей сожженного Гуса). Лютер спокойно и с достоинством попросил комиссориум диспута оградить его от подобных выпадов. Экк развернул долгое, ни к чему не обязывающее рассуждение о церковной истории, но затем вновь разыграл свою козырную карту. «Если святой отец против гуситов, — шутливо заметил он, — так почему он ни разу не употребил своих выдающихся дарований на то, чтобы писать против них?» Лютер вновь спокойно попросил Экка держаться существа вопроса и не делать его гуситом. Однако видно было, что реформатор ведет полемику стесненно, как бы не решаясь на какой-то важнейший для себя шаг. После перерыва он заявил: «Среди утверждений Иоганна Гуса и гуситов есть много подлинно христианских и евангельских, которых вселенская церковь не может подвергать проклятью. Таково, например, положение: есть только одна всеобщая церковь», Экк, который по всем правилам тащил противника в «болото инакомыслия», тут же оживился и спросил Лютера, а не боится ли он уличать в заблуждении такой священный и уважаемый собор, как Констанцский (собор, который осудил Яна Гуса). Лютер тотчас ответил, что ему и в голову не приходило говорить что-либо против Констанцского собора. Экк заявил, однако, что это вытекает из слов и сочинений августинца, который рассуждает порой как настоящий покровитель гуситов. Лютер прервал Экка и назвал его заявление наглым наветом, неуместным в ученом турнире. «Заблуждения гуситов не вызывают у меня симпатии, но пусть Экк покажет мне, почему утверждения, которые я квалифицировал как христианские, являются заблуждениями». Экк отвечал, что считает их таковыми, поскольку собор, осудивший учение Гуса, не сделал для них исключения. Тогда Лютер решился на последний логически необходимый шаг. Экку, заявил он, следовало бы всего-навсего доказать, что соборы не могут заблуждаться и никогда не заблуждаются.
Ничего большего доминиканцу не требовалось. Ухватившись за эту реплику, он торжественно провозгласил: «Высокочтимый святой отец, если Вы верите, что по всем законам действовавший собор заблуждался или мог заблуждаться, то будьте вы мне как язычник и мытарь. Что такое еретик, мне здесь не надобно объяснять».
Это было отлучение с кафедры, вполне устроившее теологический комиссориум. По правилам университетских богословских турниров, Экк выиграл полемику: доказанное единомыслие с осужденным еретиком да плюс к тому еще и доказанное сомнение в авторитете соборов, то есть высшего органа церкви, было несомненным свидетельством поражения доктора Мартинуса. Неудивительно, что теологическая часть собрания уже просто не слушала того, что Лютер сказал в ответ на отлучающие слова Экка: нет никакой ереси в том, чтобы всякое церковное решение (в том числе и соборное) еще и еще раз сличалось со Священным писанием. Однако присутствовавшие на диспуте миряне и представители низшего духовенства выслушали его заявление с большим вниманием. Они вынесли впечатление, что диспут не завершен и, строго говоря, даже не начинался, поскольку Экк не квалифицировал ни одного из главных утверждений Лютера: об условности папства; о церкви, существующей независимо от римского централизма, — всюду, где проповедуется божье слово; наконец, о Писании, которое стоит выше не только теологических «ученых мнений» или папских декретов, но и выше соборов. На эти утверждения, в которых уже была высказана самая суть немецкой реформации, Экк, погнавшийся за тенью Гуса, не сумел наложить никакого доказательного запрета, а следовательно, оставил их для последующего широкого гласного обсуждения. О поражении ингольштадтца вряд ли можно было говорить, но его победу скоро стали считать Пирровой.
Разногласия в оценке диспута возникли сразу же после его завершения.
Лейпцигский университет поздравил Экка с триумфом и вручил ему крупный денежный приз. Ректорат был особенно благодарен за нетерпимое отношение к гуситской ереси: любое потакание ей оскорбляло восточно-саксонское дворянство, некогда потерпевшее поражение от гуситов, да и сам Лейпцигский университет при основании его в начале XV века был укомплектован немецкими магистрами и бурсаками, изгнанными из Праги во время гуситских волнений.