Президент решительно возражает против попыток любого лица из правительства или не из правительства переложить ответственность на других».
Решение Кеннеди принять на себя всю ответственность за неудачу на Кубе было, видимо, той ценой, которую потребовали республиканцы за свое согласие хотя бы временно снять с повестки дня вопрос о Кубе. В течение недели после вторжения президент обсуждал подробности операции с Эйзенхауэром, Никсоном, сенатором от штата Аризона Барри Голдуотером и губернатором штата Нью-Йорк Нельсоном Рокфеллером. 22 апреля, расставаясь с Кеннеди после почти полуторачасовой беседы, Эйзенхауэр следующим образом определил позицию республиканцев: «Я высказываюсь за то, чтобы Соединенные Штаты полностью поддерживали человека, который несет ответственность за нашу внешнюю политику».
Кеннеди использовал временное перемирие для решительной реорганизации невидимого правительства. Еще до попытки вторжения на Кубу он намечал произвести серьезные перемены в руководстве ЦРУ. Он даже дал понять нескольким высокопоставленным чиновникам, что после ухода Даллеса намерен поставить во главе Центрального разведывательного управления Ричарда Биссела.
Теперь, после неудачи на Кубе, стало ясно, что Бисселу придется уйти и что саму реорганизацию нужно на некоторое время отложить. Отставка Даллеса была принята лишь 27 сентября 1961 года, и через два дня его заменил Джон Маккоун. Заместитель начальника ЦРУ генерал Кейбелл ушел в отставку 31 января 1962 года, уступив свой пост 52-летнему армейскому генерал-майору Маршаллу Сильвестру Картеру. Биссел ушел в отставку с поста заместителя начальника управления по планированию 17 февраля 1962 года. Его сменил Ричард Хелмс, бывший помощник Биссела. Еще один заместитель начальника ЦРУ, Роберт Эмори, был назначен начальником международного управления бюджетного бюро. Его преемником в ЦРУ стал с 16 мая 1962 года Рей Клайн.
Изменения в высшем руководстве Центрального разведывательного управления продолжались в течение всего года. Однако уже через два дня после попытки вторжения на Кубу Кеннеди приказал генералу Тэйлору возглавить комиссию по расследованию и представить рекомендации по реорганизации разведки.
Во время Второй мировой войны Тэйлор командовал воздушно-десантной дивизией, а позже был начальником штаба армии США. С этого поста он ушел в знак протеста против отказа правительства Эйзенхауэра согласиться с его теорией готовности к ведению современной войны и без применения ядерного оружия. После окончания расследования причин неудачи в заливе Кочинос Тэйлор был назначен личным военным советником Кеннеди, а позднее стал председателем Комитета начальников штабов.
Вместе с Тэйлором расследованием занимались Роберт Кеннеди, Аллен Даллес и Арли Бэрк, причем не составляло секрета, что министру юстиции отводилась роль неофициального надсмотрщика правительства Кеннеди над разведкой. Даллес и Бэрк, назначенные на свои посты еще правительством Эйзенхауэра, были включены в комиссию с двоякой целью: не только заручиться широкой политической поддержкой намеченной реорганизации, но и предвосхитить возможные обвинения комиссии в том, что она пытается снять ответственность с правительства Кеннеди за кубинскую неудачу.
4 мая Кеннеди предпринял шаг, который еще более усилил его контроль над невидимым правительством: он возродил совет консультантов при президенте по вопросам внешнеполитической разведки, получивший новое название «Консультативный совет при президенте по вопросам разведки». Совет консультантов был создан президентом Эйзенхауэром еще 13 января 1956 года по рекомендации комиссии Гувера и возглавлялся ректором Массачусетского технологического института Джеймсом Киллианом. В течение первых шести месяцев одним из членов совета был отец президента — Джозеф Кеннеди. 7 января 1961 года, в связи с предстоящей сменой правительства, все члены совета вышли в отставку, однако новый президент Кеннеди обязал их возобновить работу под председательством того же Киллиана.
Кеннеди поручил новому совету обследовать все органы разведки, внести рекомендации о коренных изменениях их структуры и добиться осуществления этих рекомендаций. Раньше совет собирался всего лишь дважды в год, причем члены его получали только самую общую информацию о деятельности разведки. Кеннеди приказал совету проводить ежегодно не меньше шести-восьми заседаний и обязал его членов выполнять между заседаниями отдельные поручения президента как внутри США, так и за границей.
Едва группы Киллиана и Тэйлора приступили к секретному обследованию органов разведки, как непрочный политический мир, установившийся после событий в заливе Кочинос, дал первую трещину. 11 июня 1961 года член палаты представителей от штата Нью-Йорк и председатель национального комитета республиканской партии Уильям Миллер выступил с заявлением. По его словам, вторжение на Кубу закончилось неудачно только потому, что Кеннеди отменил предусмотренное Эйзенхауэром воздушное прикрытие кубинских повстанческих сил американской авиацией.