После войны Фубини поступил в лабораторию авиационных приборов и работал над секретными электронными системами. Еще перед своим назначением в Пентагон Фубини окончательно пришел к выводу, что служба безопасности США нуждается в улучшении.
Фубини и его подчиненные составили длинный перечень фактов разглашения государственных секретов через прессу и другими путями. Заметное место в перечне занимают публичные выступления министра обороны Макнамары и его заместителя Росуэла Гилпатрика. По мнению Фубини, его шефы, особенно Макнамара, в выступлениях по телевидению после кризиса в Карибском море, стремясь поддержать политику правительства, не соблюдали должной осторожности, когда речь заходила о вопросах государственной безопасности.
Озабоченность Фубини полностью разделяет агентство, которым он руководит. Трехэтажное здание агентства в Форт-Миде, штат Мэриленд, окружено двойной изгородью двухметровой высоты из колючей проволоки.
Изгородь охраняется круглосуточно, охрана вооружена пулеметами, постоянно находящимися в боевой готовности.
Охрана имеется и внутри помещения. Само здание меньше Пентагона, но больше помещения, занимаемого аппаратом ЦРУ в Лэнгли. Здесь размещены сверхскоростные вычислительные машины, сложное радио- и электронное оборудование. Утверждают, будто здесь больше электропроводки, чем в любом другом здании мира.
Специальные конвейеры, обеспечивающие неприкосновенность документов, доставляют их к месту назначения с большой скоростью.
Строительство здания Агентства национальной безопасности, законченное в 1957 году, обошлось в 30 миллионов долларов. Здесь же находится хорошо оборудованный госпиталь с операционным залом и кабинетами зубных врачей, восемь закусочных, кафетерий, зал для собраний и отделение банка. Все окна в здании закрыты наглухо, и открывать их запрещено.
Прием на службу в управление обставляется особыми предосторожностями. Лица, подавшие заявления о приеме, подвергаются испытанию на «детекторе лжи» и после зачисления на службу проходят тщательный инструктаж о сохранении секретов. Инструктаж периодически повторяется; кроме того, сотрудники АНБ обязаны время от времени перечитывать соответствующие инструкции, что подтверждают специальными подписками.
И все же, несмотря на эти меры, в Агентстве национальной безопасности было достаточно неприятностей из-за нарушения порядка хранения секретов. В 1960 году в Россию бежали два молодых математика — Уильям Мартин и Бернон Митчелл. На пресс-конференции в Москве они детально описали характер деятельности агентства. Мартин и Митчелл в какой-то мере ответственны за уход в отставку начальника отдела личного состава АНБ и за увольнение двадцати шести других сотрудников агентства.
Их поступок побудил палату представителей конгресса принять 9 мая 1963 года закон, предоставляющий министру обороны такие же абсолютные права в отношении служащих Агентства национальной безопасности, какими начальник ЦРУ пользуется в отношении своих подчиненных. По этому закону, внесенному комиссией по расследованию антиамериканской деятельности, министр обороны получил право увольнять любого работника агентства, если возникли сомнения в его преданности, причем без объяснения причин увольнения и без права его обжалования. Закон установил также, что все лица до поступления на службу в агентстве должны проходить тщательную, всестороннюю проверку.
Конгрессмен от штата Луизиана демократ Эдвин Уиллис (член комиссии по расследованию антиамериканской деятельности), убеждая палату представителей принять законопроект, подчеркивал, что АНБ «осуществляет наиболее сложные разведывательные мероприятия нашего правительства… Агентство национальной безопасности играет настолько узкоспециальную роль в обеспечении обороны и безопасности Соединенных Штатов, что ни один посторонний, по существу, не в состоянии сказать, чем оно занимается. Деятельность агентства является тайной не только для непосвященных лиц, но и для государственных учреждений. Комиссия по делам гражданских служащих, которая может на основании существующих законоположений проверить, соответствуют ли выполняемые государственным чиновником обязанности его штатной должности, не имеет права интересоваться, чем заняты сотрудники Агентства национальной безопасности».
Дело Мартина и Митчелла хотя и заставило палату представителей конгресса предпринять кое-какие меры, однако было всего лишь одним из нескольких сенсационных скандалов, весьма основательно затронувших АНБ.
Так, в 1954 году был осужден Джозеф Петерсен. Его обвиняли в том, что он копировал документы Агентства национальной безопасности и передавал их иностранному государству. Судя по судебным протоколам, обвинение утверждало, что «Петерсен делал заметки или снимал копии с некоторых секретных документов, которые показывали, что Соединенные Штаты успешно читают шифры, применяемые Нидерландами». Посольство Нидерландов в Вашингтоне признало, что оно обменивалось с Петерсеном секретной информацией, но исходило при этом из предположения, что он действует с ведома своих начальников.