Тогда решили открыть саму раку с мощами. Благословение на это действие дал епископ Венецианский Лоренцо Джустиниани. Именно в то самое время и был обнаружен там сосуд с густым, как мазь, миром (манной), который находился рядом со святыми костями святителя Николая. Кстати, тогда же вновь обрели тот самый камень с греческой надписью, подтверждающей, что это мощи самого святителя. Епископ Лоренцо отслужил торжественную мессу, на которой был венецианский дож Франческо Фоскари, а также собралось множества народа. По завершении торжества раку с мощами вновь закрыли и поместили на место.
Следующее открытие мощей произошло в 1634 году, когда закончили строительство нового храма и мощи трех святых перенесли в новую мраморную раку. В ней они и хранятся до настоящего времени. Однако тогда решили совершить освидетельствование мощей святителя Николая. Мы получили тогда сведения о том, что святые кости белее, нежели мощи двух других святых. Они сильно размельчены, что, видимо, объясняется сильными повреждениями при их отделении в Мирах от «стеклянной брони», в которую они были предусмотрительно запечатаны.
Как пишет об этих семи вскрытиях профессор Мартино, «все всегда происходило тайно; это даже стало мистическим, когда случилось так, что второе, третье и четвертое вскрытия и расследования сопровождались внезапной смертью аббатов монастыря Святого Николая. Таинственность все больше возрастала, особенно когда при пятом вскрытии — согласно описанию, оставленному летописцем того времени, — в большой коробке был даже найден череп! Невероятно!» — заключил Луиджи Мартино.
Самое важное, углубленное и последнее по времени вскрытие произошло 17 сентября 1992 года (данные от профессора Луиджи Мартино). Сами исследования длились почти два месяца. В них принял участие клирик храма Святого Николая, францисканец Л. Г. Палуде. Именно он спустя два года опубликовал иллюстрированный отчет об этой работе в своей книге «Признание мощей святителя Николая»
Открыв в 1992 году мраморный саркофаг, ученая комиссия обнаружила три деревянные гробницы. В самой крупной из них как раз и хранились мощи святителя Николая. Гробницу распечатали и обнаружили другое, свинцовое, покрытие. Только внутри него можно было лицезреть множество костей разного цвета и размера.
Здесь же был вновь обнаружен камень черного цвета, который был известен еще при вскрытии гробницы в 1449 году. Надпись на нем гласила: «Мощи святого смиренного Николая». Нашли и тот самый сосуд с миром (манной), который в XV веке попал в руки исследователей. А выявленная часть черепной крышки оказалась частью мощей святого Николая «Дяди». Среди других находок — старинные монеты разных лет выпуска и некоторые не очень важные мелочи.
Публикаторы результатов исследований указали следующее. По заключению профессора Луиджи Мартино, «белые кости, находящиеся в Венеции, дополняют останки, сохраняющиеся в Бари». Почему они бело-серого цвета? Ответ понятен — они, вероятно, долгое время хранились на открытом воздухе или даже под лучами солнца, а также контактировали с известью, «отчего сделались весьма хрупкими».
Профессор Мартино привел в пример один интересный факт. Оказывается, часть мощей святителя Николая, хранящаяся в Бари, после четырех лет, прошедших с момента их поднятия из закрытого пространства раки для освидетельствования в 1953–1957 годах, изменила свою природу, то есть, находясь на открытом воздухе, «кости стали более хрупкими… по виду похожими на сухую глину, весьма ломкими».
Обнаружено также было то, что на левой плечевой кости и на левой большой берцовой кости имеются следы, показывающие изъятие части останков. Предположили, что это могло произойти в результате забора фрагмента святых мощей для помещения в отдельный реликварий или мощевик. Это можно расценить, по мнению Палуде, как косвенное доказательство того, что останки принадлежат «великой личности».