Благодаря обаянию Протопопова и его принадлежности к крупной, умеренно либеральной партии октябристов, его неоднократно выбирали товарищем [заместителем] председателя Думы. Родзянко признавал талант своего помощника. В июне 1916 года он заявил царю, что Протопопова можно назначить на пост министра. «На пост министра торговли он рекомендовал своего товарища Протопопова, – писал супруге государь, добавляя при этом: – Помнится, наш Друг упоминал о нем по какому-то поводу». Но в тот момент в правительстве не произошло никаких перемен, и Протопопов остался вторым после Родзянко человеком в Думе. В этом качестве он и возглавил делегацию депутатов Государственной думы, летом 1916 года совершившую вояж с миссией доброй воли по Англии, Франции и другим странам. Возвращаясь в Россию, он встретился в Стокгольме с чиновником германского посольства. «Вчера я видел человека, который мне очень понравился, – писал царь супруге. – Протопопов, товарищ председателя Государственной думы. Он ездил за границу с другими членами Думы и рассказал мне много интересного».
Теперь для назначения Протопопова на министерский пост было готово все: он очаровал Николая II своей обходительностью, получил рекомендацию от Родзянко и, самое главное, был угоден Распутину, а следовательно, и государыне. Знакомство Протопопова со старцем продолжалось уже несколько лет. Здоровье у кандидата в министры внутренних дел было незавидным. Он страдал болезнью, которую, в зависимости от личного отношения, одни называли прогрессирующим параличом спинного мозга, другие – поздней стадией сифилиса. Когда выяснилось, что доктора не в силах ему помочь, Протопопов обратился к бурятскому лекарю Бадмаеву, лечившему травами и бывшему в то время весьма популярным в Петрограде. Бадмаев же дружил с Распутиным. Таким образом Протопопов, увлекавшийся мистикой и оккультными науками, попал в число знакомцев старца. Узнав, что императору понравился его любезный протеже, Распутин взял инициативу в свои руки и начал внушать государыне, что Протопопова следует назначить министром внутренних дел.
«Григорий настойчиво просит тебя назначить Протопопова, – писала она супругу в сентябре 1916 года. – Он знает нашего Друга по меньшей мере 4 года, а это говорит о многом». Два дня спустя императрица снова писала: «Пожалуйста, назначь Протопопова министром внутренних дел; так как он член Думы, то это произведет на них большое впечатление и закроет им рты». Государь пожурил супругу за то, что она готова исполнить любое пожелание старца: «Мне кажется, что этот Протопопов – хороший человек. Родзянко уже давно предлагал его на должность министра торговли… Я должен обдумать этот вопрос, так как он застигает меня совершенно врасплох. Мнения нашего Друга о людях бывают иногда очень странными, как ты сама это знаешь, – поэтому нужно быть осторожным». Но спустя несколько дней царь уступил. В телеграмме он указал: «Это должно быть сделано». А в письме присовокупил: «Дай Бог, чтобы Протопопов оказался тем человеком, в котором мы сейчас нуждаемся». Императрица обрадовалась: «Да благословит Господь твое назначение Протопопова. Наш Друг говорит, что ты очень мудро поступил, выбрав его».
Назначение Думу шокировало. Принятие Протопоповым министерского поста в кабинете Штюрмера депутаты сочли подлым предательством по отношению к ней… Когда один старый знакомый посоветовал Протопопову уйти в отставку, тот брякнул: «Как я могу уйти в отставку? Я всю жизнь мечтал стать вице-губернатором, а тут я министр!»
Больше всех был зол на Протопопова Родзянко. Дрожа от гнева, он набросился на своего прежнего заместителя и назвал его ренегатом. «Я надеюсь, – отвечал Протопопов, – что мне удастся что-нибудь изменить в положении вещей. Я уверяю вас, что государь готов на все хорошее, но ему мешают, – вспоминал их разговор Родзянко. – Хорошо, пусть так, но при Штюрмере и Распутине разве вы в силах что-нибудь изменить? Вы только скомпрометируете себя и Думу. У вас не хватит сил бороться, и вы не отважитесь прямо говорить государю».
Вскоре после этой встречи Протопопов намекнул Родзянко, что с его помощью председатель Думы может быть назначен на пост премьера и министра иностранных дел вместо Штюрмера. Понимая, что ни царю, ни императрице такая мысль и в голову не придет, Родзянко выдвинул свои условия: «Я один должен обладать правом назначать министров… Императрица должна оставаться… в Ливадии до конца войны». Протопопов посоветовал Родзянко самому сообщить свои условия государыне.