Заняв министерскую должность, Протопопов повел себя весьма странно. На заседания Думы являлся в мундире шефа отдельного корпуса жандармов, который полагался ему по чину. Над его письменным столом висел образ, к которому он обращался как к одушевленному лицу. «Он [образ] помогает мне во всем, я все делаю по Его совету», – уверял он Керенского. Всех поразило превращение думского либерала в архиреакционера. Он был полон решимости спасти царскую власть и православную Русь и заявлял, что не побоится выступить против революции, а если нужно, то спровоцирует ее, чтобы тотчас ее разгромить. «У меня на квартире он грозил… что всех сотрет в порошок, – вспоминал Родзянко. – Он как закатит глаза, так делается как глухарь – ничего не понимает, не видит, не слышит… Говорит, что чувствует себя достаточно сильным, чтобы спасти Россию, что он один спасет ее».
Помимо того что в руках Протопопова находилась полиция, он отвечал еще и за продовольственное снабжение. Идея принадлежала Распутину. Вполне логично старец полагал, что эти функции должны быть изъяты у беспомощного министерства земледелия и переданы Министерству внутренних дел, имеющему полицию, которая в состоянии претворить в жизнь распоряжения министра. Поддержав эту инициативу, государыня лично занялась решением проблемы. То был единственный случай, когда она не удосужилась заручиться предварительным одобрением императора. «Прости меня за то, что я сделала, – писала она. – Но это было совершенно необходимо. На этом настаивал наш Друг. Штюрмер посылает к тебе с курьером на подпись еще один документ, согласно которому все снабжение продовольствием сразу переходит в руки министра внутренних дел… Мне пришлось принять решение самой, так как Григорий заявляет, что все будет в руках у Протопопова… и это спасет Россию… Прости, но мне пришлось взять ответственность на себя». Император согласился, и таким образом, когда Россия вступила в роковую зиму 1916/17 года, руководство полицией и обеспечение продовольствием оказались в дрожащих, слабых руках Протопопова.
Хотя по молчаливому соглашению между супругами императрица могла вмешиваться лишь во внутренние дела государства, она начала переходить установленную для нее границу. В ноябре 1916 года она писала: «Милый ангел, очень хочется узнать, каковы твои планы относительно Румынии». В том же месяце она отмечала: «Наш Друг боится, что если у нас не будет большой армии для прохода через Румынию, то мы попадем в ловушку с тыла».
Перестав церемониться, Распутин уже не задавал наводящих вопросов об армии, чтобы посоветовать, где и когда осуществлять наступательные операции. Он заявлял царице, будто во сне на него находит вдохновение. «Пока не забыла, должна тебе передать то, что видел во сне наш Друг, – писала императрица в Ставку в ноябре 1915 года. – Он просит тебя отдать приказ вести наступление у Риги. Иначе, говорит он, немцы настолько укрепятся там за зиму, что понадобится много крови и сил, чтобы сдвинуть их с места… По его словам, сейчас это самое главное, он так просит тебя приказать нашим наступать. Он говорит, мы можем и должны это сделать, и мне следует сейчас же написать тебе».
В июне 1916 года императрица писала в царскую Ставку: «Наш Друг шлет свое благословение всей православной армии. Он просит не слишком напирать на севере, поскольку, говорит он, если мы будем продолжать наступление на юге, они сами отступят на севере, а если вздумают наступать, то потери немцев будут очень велики. Он говорит, что это… его совет».
Генерал Алексеев не очень-то обрадовался такому повышенному интересу императрицы к армейским делам. «Я сообщил Алексееву о твоем интересе к военным операциям и о тех деталях, которые тебя заботят, – написал император супруге 7 июня 1916 года. – Он улыбнулся и молча выслушал меня». Начальник штаба встревожился: уж нет ли утечки информации относительно его планов. После отречения царя от престола генерал сообщил: «Когда осматривались бумаги императрицы, оказалось, что у нее была карта, на которой подробно указано расположение наших войск по всему фронту. Открытие это произвело на меня очень неприятное впечатление. Бог знает, кто мог воспользоваться этой картой».