«Житие Феодора Сикеота» (Л. 47 — 85 об.)
«Житие великаго Пахомиа» (Л. 86 — 166 об.)
«Житие Симиона иж на Дивн горе» (Л.167 — 265 об.)
«Житие Исака Далматского» (Л. 266 — 276 об.)
«Житие Ануфриа великаго» (Л. 278–296)
«В то ж день иже в святых Петра Афоньского» (житие в оглавлении ошибочно названо дважды — Е. Р.; Л. 297 — 321 об.)
«Мучение святыя мученици Февронии» (Л. 323 — 356 об.)
«Житие Афонасиа Афонскаго» (Л. 357–446)
«Мучение святых мученик месяца июля в день 10» (Л. 447 — 466 об.)
«Житие преподобныя Макрины» (Л. 467–488)
«Мучение семи отрокъ въ Ефес» (Л. 489–509)
«Житие преподобнаго Паисия великаго» (Л. 510–562).
4. Агиографический сборник (РГБ. Тр. № 685, XVI в.). Копия Гурия Тушина, сделанная им со сборника Нила Сорского. В сборнике жития с марта по август. По содержанию этот сборник почти аналогичен Кир. — Бел. № 141/1218, но в нем отсутствуют «мучения святых отцов» и «Житие преподобной Макрины».
5. Агиографический сборник (РГБ. МДА, № 207, XVI в.) Одна из копий со сборника Нила Сорского, сделанная монахом Нилом (Полевым). Сборник включает жития святых с марта по август. Содержание почти аналогично сборнику Тр. № 685, но добавлено «Житие Арсения Великого». Одно из житий этого сборника — «Житие святого Иоанна епископа и безмолвника» (Л. 2–17) — автограф Нила Сорского.
6. Агиографический сборник (РГБ. Вол. № 630, XVI в.) Одна из копий со сборников Нила Сорского, сделанная монахом Нилом (Полевым). Сборник включает жития с января по май, часть сборника (Л. 2 — 346 об.) — беловой автограф Нила Сорского.
7. Апостол (РНБ. Кир. — Бел. № 114/119, XVI в.). Книга Нило–Сорского скита, имеет вкладную запись старца Александра из Соловецкого монастыря (Л. 10 об.).
8. Богослужебный сборник (РНБ. Кир. — Бел. № 489/746, конец XVI — начало XVII в.). Книга Нило–Сорского скита, содержит фрагменты служб, каноны, тропари, молитвы.
9. Богослужебный сборник (КБИАХМЗ. РК. 30, 2–я пол. XVII в.). Сборник содержит богослужебные тексты на праздники во имя святого Иоанна Предтечи: Рождество честного славного Пророка, Собор Предтечи и Крестителя Господня Иоанна, Третье обретение и Усекновение главы Предтечи и Крестителя Господня Иоанна. Сборник принадлежал Нило–Сорскому скиту, в котором в 1656–1659 гг. был построен храм в честь Третьего обретения главы святого Иоанна Предтечи.
10. Грамота царя Иоанна Васильевича на Белоозеро городовому прикащику Леонтью Ошанину о выдаче на будущее время ежегодно в Кириллов монастырь игумену Козме с братьей, да на Гору к Иоанну Предтече в богадельную избу, да в Воскресенский девичий монастырь на реке Шексне, да в Нилову пустынь, да на Ворбо озеро к Благовещенью Пресвятой Богородицы по 1016 четвертей ржи и 524 четвертей овса не из Вологодского, а по–прежнему из Белозерского уезда из Дворцовых волостей: Озацкой, Надпорожской и Шухтовы, и из села Ирмы (РГАДА. Маз. Оп. 2. Ед. хр. 3, 6 января 1577 г.).
11. Грамота митрополита Ростовского и Ярославского Варлаама в Кириллов монастырь игумену Феодосию с братией о запрещении священослужения с отобранием ставленной грамоты строителю Нилова скита черному дьякону Кириллу и о смирении его монастырским смирением за убийство того же скита старца Феофила и сожжение его тела (РГАДА. Маз. Оп. 2. Ед. хр. № 12, 4 марта 1632 г.)
12. Грамота царя Михаила Феодоровича на Белоозеро воеводе Никите Ивановичу Ласкиреву о выдаче ружного жалования строителю Нилова скита Сорской пустыни старцу Нафанаилу (ФИРИ. Кол. 260. On. 1. Ед. хр. № 47, 26 января 1638 г.).
13: Грамота царя Алексея Михайловича архимандриту Кириллова монастыря Авраамию о переводе в Нилов скит старца Иоасафа, сосланного в 1649 г. в Кириллов монастырь из приказа Большого дворца (ФИРИ. Кол. 260. On. 1, 12 августа 1658 г.).
14. Государева жалованная грамота с «прочетом» на Вологду стольнику и воеводе Ивану Демидовичу Голохвастову да дьяку Перфилью Ляпину о даче руги строителю старцу Нифонту с братьей Сорской пустыни Нилова скита всего на 15 человек по прежним царя Алексея Михайловича грамотам, с выдачей за хлеб по вологодской меньшой цене, а не по торговой покупной, как просили старцы (РГАДА. Маз. Оп. 2. Ед. хр. № 289, 25 января 1677 г.).
15. Грамота Святейшего Патриарха Всея Руси Иоакима архимандриту Кирилло–Белозерского монастыря Никите о «смирении монастырским смирением старца Корнилия Затворникова» (ФИРИ. Кол. 260. On. 1. Ед. хр. № 406, 26 ноября 1678 г.).
16. Грамота благословенная епископа Вологодского и Белоезерского Павла на строительство теплой церкви во имя святого Ефрема Сирина в Ниловом скиту Сорской пустыни взамен сгоревшего храма (ФИРИ. Кол. 260. On. 1. Ед. хр. № 827, 16 февраля 1717 г.).
17. Евангелие воскресное с поучениями святых отцов (РНБ. Кир. — Бел. № 17/142, XV–XVI вв.). Одна из древнейших сохранившихся книг из библиотеки Нило–Сорского скита: «Сие евуангелие Стретения Христова Ниловы пустыни» (Л. 2).