Как профессор Базельского университета, Ницше принимает швейцарское подданство. В войне 1870 года он участвует в качестве санитара. Здесь он теряет остатки «бремени»: некоторый национализм, некоторую симпатию к Бисмарку и Пруссии. Он уже не может ни поддерживать отождествление культуры и Государства, ни верить в то, что победа оружия является знаком культуры. Тогда же обнаруживается его презрение к Германии, его неспособность жить среди немцев. Отказ Ницше от старых верований не составляет кризиса (кризис, или разрыв, образуется, скорее, открытием новой идеи, инспирацией). Проблемы Ницше не суть проблемы отказа от чего-либо. У нас нет никаких оснований не верить заявлениям из «Ессе Homo», в которых Ницше утверждает, что атеизм в религиозном опыте был ему, несмотря на наследственность, со-природен, разумелся из инстинкта. Тем временем одиночество его углубляется. В 1871 году он пишет «Рождение трагедии», где под масками Вагнера и Шопенгауэра проглядывает подлинный Ницше — филологи плохо принимают книгу. Ницше ощущает себя Несвоевременным, ему открывается несовместимость частного мыслителя и публичного профессора. В четвертой части «Несвоевременного» («Вагнер в Байрейте», 1875) холодность к Вагнеру становится подчеркнутой. Байрейтские торжества, ярмарочный дух, который он здесь находит, официальные делегации, речи, присутствие старого императора — всё это внушает ему отвращение. Друзья удивлены тому, что кажется им переменами в Ницше. Он всё больше интересуется позитивными науками: физикой, биологией, медициной. Пропадает даже его здоровье: его мучают боли в голове, желудке, глазах, нарушения речи. Он отказывается от преподавания. «Болезнь мало-помалу приносила мне освобождение: она меня избавила от всякого рода разрывов, от всяких неистовых сомнительных начинаний. Она наделила меня правом коренным образом менять свои привычки». И поскольку Вагнер важен был для Ницше-профессора, вагнерианство пало вместе с профессурой Ницше.
Стараниями Овербека, самого верного и самого умного из его друзей, в 1878 году Ницше получает пенсию в Базеле. Он начинает жизнь странника: жилец скромных меблированных комнат, он, словно тень, мечется в поисках благоприятного климата по Швейцарии, Италии, югу Франции. То в одиночестве, то с друзьями (Мальвида фон Мейзенбург, давняя поклонница Вагнера; Петер Гаст, его бывший ученик, композитор, которого он прочит на место Вагнера; Пауль Рэ — с ним его сближает вкус к естественным наукам, к вивисекции морали). Время от времени он возвращается в Наумбург. В Сорренто последний раз видится с Вагнером — националистом, святошей. В 1878 году «Человеческое, слишком человеческое» открывает великую критику ценностей, годы Льва. Друзья перестают его понимать, Вагнер обрушивается с нападками. Главное же: он всё больше и больше болен. «Не иметь возможности читать! Писать не иначе, как урывками! Ни с кем не видеться! Не иметь возможности слушать музыку!» В 1880 году он так описывает свое состояние: «Неотступные боли, каждый день целыми часами состояние, близкое к морской болезни, полупаралич, из-за которого трудно говорить, а для разнообразия — жесточайшие приступы боли (последний сопровождался трехдневной рвотой, я просто жаждал смерти…). Если бы я только мог описать Вам непрерывность всего этого, неотступные мучительные боли в голове, глазах и это общее ощущение паралича — с головы до ног».