Пробелы в деятельности особых отделов ощущались при изучении личного состава вновь формируемых воинских частей и соединений, куда по мобилизации поступало немало антисоветски настроенных лиц. Страдала и зафронтовая работа, особенно в части качественной подготовки агентуры. Малоэффективными оказались и усилия контрразведчиков, работавших преимущественно по объектовому принципу, в то время как обстановка требовала линейного подхода в борьбе со шпионажем, диверсиями, террором, предательством, изменой, дезертирством, членовредительством и др. Вносились предложения и об усилении чекистского обслуживания партизанских формирований, действовавших в тылу противника, налаживании более тесного взаимодействия с территориальными органами госбезопасности, создании маневренных оперативно-чекистских групп в боевых порядках действующей армии. Слышались нарекания и о двойной подчиненности военной контрразведки.
Серьезные нарушения в деятельности особых отделов имели место и в соблюдении законности, прежде всего по вопросам необоснованных арестов, а также ведения следствия по фактам дезертирства, измены и предательства. В ноябре 1941 г. в указаниях Особого отдела Южного фронта «Об улучшении следственной работы по делам арестованных агентов противника» отмечалось: «В производстве следствия в особых отделах НКВД армий, дивизий, бригад над разоблаченными агентами немецкой разведки отмечен ряд существенных недочетов, снижающих результаты нашей работы… Следствие по таким делам ведется исключительно поверхностно, зачастую не выясняются детально, путем тщательных допросов обвиняемых, такие вопросы как: обстоятельства, при которых военнослужащий оказался на территории противника; когда, кем и где он был завербован, какие задания получил; как должен осуществлять связь с вражеской разведкой…
В особых отделах дивизий установилось и такое крайне нетерпимое положение, когда последние, независимо от особых отделов армий, самостоятельно заканчивают следственные дела… и направляют их по подсудности и для производства предварительного следствия в органы прокуратуры и местные органы НКВД».
Письмо заместителя начальника Особого отдела фронта (март 1942 г.) в адрес руководства Особым отделом 12-й армии о недостатках в расследовании уголовных дел и фактах нарушений уголовно-процессуального законодательства показало: ситуация со временем практически не изменилась. Военнослужащие и дальше продолжали подвергаться аресту без санкции прокурора, следствие по их делам проводилось поверхностно, в уголовных делах отсутствовали показания свидетелей и вещественные доказательства, подтверждающие вину обвиняемых и др. Капитан госбезопасности Шаршенидзе «за допущенные нарушения норм УПК и небрежное оформление следственных документов» требовал от начальника Особого отдела армии привлечь следователей Сокола, Митяева и Приза к дисциплинарной ответственности и доложить о принятых мерах[129].
В условиях отступления советских войск, неразберихи, отсутствия надлежащей дисциплины и порядка, а нередко трусости и измены, особые отделы некоторых соединений в борьбе с дезертирством и предательством на события пытались повлиять исключительно репрессивными методами. «За последнее время, – отмечалось в директиве (февраль 1942 г.) начальника ОО НКВД Западного фронта комиссара госбезопасности 3-го ранга Л. Ф. Цанавы, – в практике работы особорганов … имели место случаи приведения в исполнение приговоров в отношении осужденных к высшей мере наказания без их утверждения военными советами армий. Ни один из известных нам случаев приведения приговоров в исполнение без утверждения военсоветами армий обстановкой не вызывался…» Директива запрещала в дальнейшем учинять нечто подобное, вплоть «до предания суду военного трибунала» за ее нарушение.
Неединичными во фронтовых буднях были и случаи расстрелов виноватых и безвинных без следствия и суда…
На сложившуюся ситуацию в мае 1942 г. приказом «О недостатках в следственной работе особых отделов НКВД военных округов и мерах по их устранению» отозвался и союзный Наркомат внутренних дел. Как заместитель наркома, его завизировал Виктор Абакумов, в подчинении которого находились те же особые отделы. Отметив, что в следственных делах «поступивших на рассмотрение Особого совещания при НКВД СССР… имеется ряд существенных недочетов и нарушений уголовно-процессуальных норм», Абакумов разговор свел только к промахам по «затягиванию следствия», «формализму в работе», «отсутствию в уголовных делах показаний арестованных о их практической преступной деятельности и вражеских связях» и т. д. О нарушениях законности лишь упоминалось: «В особых отделах НКВД Средне-Азиатского, Северо-Кавказского, Южно-Уральского и Сибирского военных округов установлены отдельные случаи арестов военнослужащих без наличия достаточных материалов».