Военно-политическая обстановка на фронтах и оперативная ситуация в поединке в тайной войне подталкивали к коренным реформам, и первыми они затронули военную контрразведку. «Центральный Комитет партии и товарищ Сталин, – подчеркнул на совещании (март 1943 г.) первый заместитель наркома внутренних дел В. Н. Меркулов, – требуют, чтобы особые отделы, эти боевые органы военной контрразведки, особенно в период Великой Отечественной войны, работали еще лучше, таким образом, чтобы ни один шпион, диверсант или террорист не мог ускользнуть от зорких глаз особистов».
19 апреля 1943 г. постановлением СНК СССР военная контрразведка была передана в ведение наркоматов обороны и ВМФ, при которых учреждались управления контрразведки СМЕРШ. Начальником Главного управления НКО стал комиссар госбезопасности 2-го ранга В. С. Абакумов. В Военно-Морском Флоте СМЕРШ возглавил комиссар ГБ П. А. Гладков. Управления особых отделов НКВД СССР всех уровней прекратили существование. На вновь образованные контрразведывательные структуры возлагались задачи борьбы с шпионажем, диверсиями, террором, другой подрывной деятельностью иностранных разведок, с антисоветскими элементами, дезертирством и членовредительством в Красной Армии и ВМФ, проверки побывавших в плену и окружении военнослужащих. В мае 1943 г. Отдел контрразведки был создан и в НКВД – с функциями обеспечения борьбы со шпионажем и предательством во внутренних и пограничных войсках, а также в органах и учреждениях внутренних дел.
21 апреля председатель ГКО Сталин утвердил «Положение о ГУКР «СМЕРШ» НКО СССР». Первый его пункт гласил: «Главное Управление контрразведки НКО («СМЕРШ» – смерть шпионам), созданное на базе бывшего Управления Особых отделов НКВД СССР, входит в состав народного Комиссариата Обороны. Начальник Главного Управления контрразведки НКО («СМЕРШ») является заместителем Народного Комиссара обороны[132], подчинен непосредственно Народному Комиссару обороны и выполняет только его распоряжения». Во втором разделе документа ранее определенные СМЕРШу задачи уточнялись тремя новыми пунктами: «…принятие агентурно-оперативных и иных мер к созданию на фронтах условий, исключающих возможность безнаказанного прохода агентуры через линию фронта…; выполнение специальных заданий Народного Комиссара обороны; органы СМЕРШ освобождаются от проведения всякой другой работы, не связанной непосредственно с задачами, перечисленными в настоящем разделе».
По линейному принципу работы в организационной структуре ГУКР СМЕРШ предполагались 14 отделов: 1-й отдел – агентурно-оперативная работа по центральным органам Красной Армии; 2-й – работа среди военнопленных; 3-й – борьба с агентурой противника; 4-й – зафронтовая контрразведка; 5-й – руководство работой органов СМЕРШа военных округов; 6-й – следственный; 7-й – оперативный учет, статистика; 8-й – оперативная техника; 9-й – обыски, аресты, наружное наблюдение; 10-й («С») – работа по особым заданиям; 11-й – шифросвязь. На остальные три отдела возлагались кадровые, хозяйственные, финансовые, другие тыловые задачи.
На местах органы СМЕРШа были представлены управлениями контрразведки фронтов; отделами (отделениями) в армиях, военных округах, корпусах, дивизиях, бригадах, запасных полках, гарнизонах, укрепрайонах и учреждениях Красной Армии. Для обеспечения оперативно-следственной работы, конвоирования, охраны арестованных и мест их содержания, фронтовым управлениям СМЕРШ придавался батальон, отделам армии – роты, корпуса, дивизии, бригады – взвод внутренних войск.
Подразделениям военной контрразведки предписывалось «в работе поддерживать, по мере необходимости, тесный контакт с органами НКГБ СССР, НКВД СССР и Разведывательного Управления Генштаба Красной Армии, обмениваться информацией и ориентировками».
Весной 1943 г. решением высших партийных и государственных органов реанимированию подвергся и Наркомат государственной безопасности СССР[133].
Комплектование личным составом органов СМЕРШа на первых порах осуществлялось за счет оперативных работников бывших особых отделов, позже специального отбора военнослужащих из числа командного и политического состава действующей армии и флота, тыловых частей и соединений Красной Армии в возрасте 25–35 лет. Преимущественно это были офицеры, имевшие боевой опыт, среднее или высшее образование, проявившие склонности к оперативной работе. Подготовку и переподготовку по новой профессии они проходили на специальных курсах и в школах Москвы, Ташкента, Ленинграда, Саратова, Хабаровска, Новосибирска и Свердловска. Срок обучения составлял 4–6 и 9 месяцев.
Как показало время, предпринятые шаги по отбору и обучению будущих контрразведчиков далеко не всегда давали гарантию их высокого профессионального мастерства и личностных человеческих качеств.