В подчинении разведывательно-резидентской области имелось до 20 районных резидентур, управленческий аппарат которых состоял из резидента, нескольких помощников и 2–3 агентов-профессионалов. По косвенным подсчетам, на конец 1943 года штаты «Зондерштаба Р» насчитывали не менее 500 сотрудников. С учетом агентурно-осведомительской сети его общая численность составляла несколько тысяч человек.
Для активизации зафронтовой разведки аппараты начальников резидентских областей максимально приближались к линии фронта и действовали в тесном контакте с отделами 1Ц групп армий Вермахта. При штабах абверкоманд «А-I» работали помощники руководителей РРО. Такие же помощники (2–3) с функциями разведки и связи прикомандировывались к отделам 1Ц штабов армий и дивизий. Их функции сводились к переброске агентуры в советский тыл, поддержке с ней контактов, оказанию той или иной практической помощи, обобщению и анализу полученных разведданных.
Об интенсивности работы штаба «Р» в области диверсионно-разведывательной деятельности свидетельствует следующий факт: в 1942–1943 гг. только на южном крыле Восточного фронта особые отделы (подразделения СМЕРШа) и территориальные органы госбезопасности разоблачили более 700 его агентов и осведомителей.
Крах «блицкрига» и оставление почти всей советской территории вынудил Абвер отказаться от услуг «Зондерштаба Р». Сказались и нависшие над детищем Канариса беды. В декабре 1943 г. генштаб ОКХ издал приказ о его расформировании. Руководящие сотрудники штаба «Р» обязывались прибыть в Варшаву в «Валли» с отчетами о проделанной работе. Основное требование к документу – информация о действующей агентурной сети. Остальной личный состав был распределен по абвергруппам, органам СД, отчислен в РОА или направлен на работу в Германию. На базе белорусского отдела и его резидентур в 1944 г. РСХА создал контрразведывательный орган Штаб «Ингвар», маскировавшийся в Минске под вывеской строительной фирмы «Эрбауер» («Восстановитель»). Однако деятельность его оказалась короткой. Летом того же года он прекратил существование.
В ходе войны Канарис усилил и ряды «домашнего войска». Полк «Бранденбург-800» был переформирован в дивизию, в помощь которой появились батальон «Бергман» (горец) и полк «Курфюрст» (князь). С непосредственным участием «А-II» первый возник осенью 1941 г., к формированию второго приложило усилия Управление «Абвер-Заграница», создав весной 1943 г. на базе 805-го полка дивизии «Бранденбург» главный центр подготовки диверсионно-разведывательных кадров Абвера.