Террористические акты со стороны националистов продолжались и в 1946 г., хотя в значительно меньшем количестве, чем на Западной Украине или в Литве. Так, за первую декаду 1946 г. в Белоруссии зарегистрировано 5 «бандитских проявлений», в результате которых убито 7 человек (заметим, что по крайней мере 2 факта относились к деятельности УПА, а не белорусских националистов), на Украине за это время было 66 «бандитских проявлений», в результате которых убито 93 человека, а в Литве — 45 «бандитских проявлений», убито 29 человек (ГАРФ, Ф. Р-9401, Оп. 2, Д. 134, Л. 101–110). Так же как и в других республиках, жертвами националистов становились члены избирательных комиссий по выборам в Верховный Совет СССР. В ночь на 14 января в деревне Вольпены Миорского района Полоцкой области убита секретарь участковой избирательной комиссии Расчевская, 26 января в деревне Сонно Любчанского района Барановичской области убит член участковой избирательной комиссии Филиппович. Общие итоги борьбы с национальным подпольем по западным областям Белоруссии за 1944–1946 гг. (данные за 1944 г. приводятся в целом по БССР) по сведениям ГУББ МВД СССР таковы:
'
(ГАРФ, Ф. Р-9478, Оп. 1, Д. 764, Л. 8,11, 13).
То обстоятельство, что в Литве, в отличие от ее северных соседей Латвии и Эстонии, немецкому командованию не удалось в значительных масштабах провести мобилизацию в легионы Waffen-SS, сказалось на численности вооруженных формирований националистов. По данным А. Анушаускаса, в ноябре 1944 г. в лесах Литвы скрывались примерно 33 тыс. человек, тогда как X. Стродс оценивает численность ушедших в леса Латвии на тот же период в 20 тыс. человек, а «лесное братство» Эстонии, по данным М. Лара, объединяло на своем пике 15 тыс. человек (Зубкова Е.Ю. «Лесные братья» в Прибалтике: война после войны // Отечественная история. — 2007. - № 2. — С. 78).
Наряду с этим на территории Литвы, точнее Виленской области, которая была оккупирована Польшей в 1920–1939 гг., активно действовали польские националисты. Прибывший в Вильнюс сразу после освобождения города зам. наркома внутренних дел СССР И.А. Серов сообщил Л.П. Берия, что в период немецкой оккупации в район Вильнюса нелегально прилетел представитель Лондонского польского правительства в качестве «командующего Виленским и Новогрудским военным округом» — генерал под псевдонимом «Вилк». Вместе с полковником «Щербичем» он развернул значительную работу по формированию и руководству польскими военными частями. К моменту освобождения Вильнюса эти формирования насчитывали 30 отдельных бригад численностью от 300 до 600 человек каждая. Общая численность польских формирований оценивалась в 25000 солдат, которые были вооружены русскими винтовками и автоматами, револьверами и гранатами. Кроме того, в бригадах имелись станковые и ручные пулеметы, противотанковые ружья, орудия. Пока шла борьба с немцами, командование Красной Армии было готово действовать совместно с поляками.
Однако формирования АК вместо борьбы с немцами выступали против советских войск, поэтому к началу августа войсками 3-го Белорусского фронта было разоружено 7924 солдата и офицера Польской Армии крайовой. Из них 4400 человек были отконвоированы на сборные пункты, а 3500 — распущено по домам.
Частями Армии крайовой на территории Литовской ССР и западных областей Белоруссии руководил единый Виленский центр, в подчинение которого входили Виленский и Новогрудский округа АК. На территории Литвы, по данным НКВД на 15 марта 1945 г., участниками АК совершено 7 нападений на государственные учреждения и предприятия, 21 террористический акт и целый ряд других бандпроявлений. В конце декабря 1944 г. в связи с арестами участников польского подполья на совещании «Руководства подпольной борьбы» было принято решение о прекращении террора против представителей советской власти и выпуска антисоветских листовок и газет. Во исполнение этого решения во второй половине февраля 1945 г. комендант Виленского округа АК «Виленчик» издал приказ о роспуске действующих отрядов Армии крайовой.