Деятельность литовских националистических формирований возглавлял Верховный штаб «Литовской освободительной армии» (ЛЛА) — Lietuvas laisves armija). Она делилась на округа, отряды, роты и взводы. В приказе Верховного штаба ЛЛА от 4 ноября 1944 г. ей предписывалось осуществлять следующую тактику: «Для успешной борьбы против НКВД, местной администрации и шпионов борьбу вести без жалости и щепетильности. Собирать точные данные о количестве частей НКВД, пограничных и внутренних войсках, их вооружении, постах охраны, бдительности и т. п. Составить планы, в основу которых положить хитрость, изобретательность, но не силу. Операции проводить только ночью, назначая для этого нужное количество людей. Операции производить смело, решительно и по возможности бесшумно. Для этой цели лучше всего играть роль милиции и НКВД, прибывшей из других уездов. По возможности надевать русские одежды и говорить по-русски. В случае опасности быть расшифрованными местными жителями носить маски, перекрашиваться и пользоваться вымышленными именами. Отдельных энкеведистов и небольшие группы военнослужащих ликвидировать без всяких следов, чтобы создалось впечатление, что пропали без вести. Для обеспечения оружием и патронами забирать все вооружение у ликвидированных, покупать у красноармейцев за самогон, войти в контакт с немецкими парашютистами, с которыми и взаимодействовать при проведении операций» (На страже границ… — С. 358–359).
Исполнение формированиями ЛЛА этого приказа подтверждается рядом донесе-ний НКВД. Так, 22 февраля в Каунасском уезде отрядом из 34 националистов, одетых в
форму военнослужащих Красной Армии, совершен налет на селение Наудже. Они убили четырех советских работников и учинили грабеж населения. Высланная оперативная группа установила место укрытия этого отряда и полностью ликвидировала его. По данным НКВД СССР, на 1 декабря 1944 г. в Литовской ССР действовало 84 литовских и польских вооруженных группы, которые были хорошо вооружены и располагали командным составом, главным образом, из офицеров бывших польской и литовской армий. Для борьбы с ними в Литовскую ССР направили 5 полков войск НКВД общей численностью 6020 человек и был командирован заместитель наркома внутренних дел СССР С.Н. Круглов с группой ответственных оперативных работников. Приказом наркома внутренних дел СССР от 8 декабря пограничные части Литовского пограничного округа были сняты с охраны пограничной линии и передислоцированы в тыловые уезды Литвы (На страже границ… — С. 369).
9 апреля 1945 г. в Укмергском уезде был ликвидирован штаб 5 округа ЛЛА. При этом в числе убитых оказались начальник штаба, бывший офицер литовской армии Иаркулис и руководитель 5 округа, бывший офицер литовской армии Карецкас. Карецкас работал главным ревизором Наркомата совхозов Литовской ССР и выезжал для руководства отрядами ЛЛА на периферию по командировочным удостоверениям Наркомсовхозов.
Приближался день победы над фашистской Германией. Однако руководство литовских националистов ожидало скорого начала новой войны — между СССР и недавними союзниками по антигитлеровской коалиции. В оперативном приказе Верховного штаба ЛЛА № 5 от 4 апреля 1945 г. утверждалось: «В случае войны с англо-саксами и государствами Западной Европы, Советы после первых же ударов будут вынуждены отступать из оккупированных стран. Литовский народ в этот момент должен будет вступить в решающий бой с ослабевшим большевизмом». Были намечены главные задачи ЛЛА:
«1. Уничтожать находящиеся в Литве и отступающие с фронта части Красной Армии, НКВД, НКГБ, не давая им возможности убивать и вывозить население и уничтожать имущество.
2. Охранять торговые, промышленные и сельскохозяйственные предприятия и имеющиеся в них запасы.
3. Организовать административную власть в стране до создания постоянного правительства» (док. № 94).
По неполным данным НКВД-НКГБ, к началу июня 1945 г. в Литве действовало 142 вооруженные группы с общим количеством участников 6246 человек, в том числе 11 групп численностью 1198 человек — польских националистов. НКВД СССР наметил в течение июня-июля месяцев провести в Литве чекистско-войсковые операции, для чего на укомплектование органов НКВД-НКГБ Литовской ССР было направлено свыше 800 оперативных работников из других областей СССР и придано 11 полков пограничных и внутренних войск НКВД. Одновременно Л.П. Берия просил И.В. Сталина разрешить выселить до 1000 семей активных участников националистических формирований и обязать ЦК КП(б) и Совет Народных Комиссаров Литовской ССР усилить работу по переселению поляков в Польшу (док. № 97). 16 июня 1945 г. Л.П. Берия подписал распоряжения НКВД СССР № 328 «О переселении в Коми АССР, Молотовскую и Свердловскую области из Литовской ССР членов семей главарей и активных участников банд». Всего в 1945 г. было выселено 6320 человек.