Для противодействия националистам все избирательные участки в Литве были взяты под вооруженную охрану. В сельской местности 580 участков охранялись войсками НКВД, 370 — войсками Красной Армии и 800 участков — истребительными батальонами и вооруженными группами содействия под руководством офицерского и сержантского состава войск НКВД. В городах избирательные участки охранялись силами милиции. Общая численность войск НКВД в Литве, предназначенных для борьбы с формированиями националистов, была увеличена до 13000 человек, еще 8000 человек охраняли границу, железные дороги, линии правительственной связи и несли конвойную службу. В итоге выборы прошли в целом спокойно, только в Гуделисской волости Мариямпольского уезда националисты обстреляли членов избирательного участка, обходивших избирателей с подвижной урной, ранив двух человек.
С целью разложения национального подполья и склонения к явке с повинной его участников 15 февраля 1946 г. был издан приказ народного комиссара внутренних дел Литовской ССР И.М. Барташунаса, который в количестве 160 тысяч экземпляров был разослан по всем уездам и областям республики. Его довели до местного населения путем проведения собраний по деревням, расклеивания в местах массовых скоплений граждан и даже индивидуального вручения семьям и родственникам участников национальных формирований. В ряде уездов приказ был зачитан в костелах ксендзами. В приказе говорилось, что «разгромлены почти все банды и подпольные антисоветские буржуазно-националистические организации», хотя «кое-где еще имеются остатки литовско-немецких националистов». Для их ликвидации нарком внутренних дел Литовской ССР приказывал «принять решительные меры», добровольно являющихся националистов, в том числе и главарей, никаким репрессиям не подвергать, а после их явки с повинной и сдачи оружия — отпускать по месту жительства и выдавать паспорта.
«Участникам банд, которым бандитские главари запрещают добровольно являться в органы советской власти, приказываю убивать таких главарей и организованно являться с оружием в органы НКВД. За убийство бандитских главарей и рядовых бандитов, препятствующих явке с повинной, никто к ответственности привлекаться не будет. Семьи бандитов и участников буржуазно-националистических организаций, не явившихся с повинной, — арестовывать и высылать… Лиц, не сдавших оружие и не заявивших об имеющихся у них бункерах и укрытиях, арестовывать и судить, как бандитов… Всех тех, кто знал о местонахождении бункеров и укрытий и не заявил об этом органам НКВД, — арестовывать и судить, как бандитских пособников» — говорилось в приказе.
В марте 1946 г. в Вильнюсе был ликвидирован Национальный совет Литвы, одновременно именовавший себя Верховным комитетом вооруженных сил Литвы. Он был создан в декабре 1945 г. и ставил перед собой задачу объединить все националистические организации и формирования для борьбы против советской власти (док. № 121).
27 мая состоялся съезд командиров националистических формирований. Съезд выпустил декларацию, призывавшую литовское население поддерживать националистов. 2 июня прошло совещание руководителей двух округов, формирования которых оперировали на территории юго-западных уездов Литвы. Согласно другому докладу МВД, объединенный штаб партизан Южной Литвы был создан на совещании 22 апреля, руководителем штаба назначен полковник бывшей литовской армии Виткус. 2 июля Виткус был обнаружен и убит (док № 122). Недолго просуществовало и созданное в июне 1946 г. для руководства движением сопротивления на территории всей Литвы «Объединенное демократическое движение сопротивления», БДПС (BDPS — Bendras Demokratino Pasipriesinimo Sajudis). Почти сразу о его создании стало известно МГБ, советским спецслужбам удалось внедрить в руководящие структуры БДПС своих агентов, начались аресты руководителей и активистов (Зубкова Е.Ю. «Лесные братья» в Прибалтике: война после войны // Отечественная история. — 2007. - № 2. — С. 87).
В течение лета и осени 1946 г. органы МВД провели ряд мероприятий по ликвидации всех окружных штабов националистического подполья. 19 сентября на территории Тельшайского уезда был задержан командующий Жемайтийским округом ЛЛА Ашоклис, по кличке «Пеледа». 11 октября при проведении чекистско-войсковой операции в деревне Судалавкис, Швенчионского уезда убит командующий 3 округа ЛЛА Зинкявичус по кличке «Кальвис» — «Артояс». 19 октября оперативной группой МВД убит бывший командующий Шауляйского округа Вилейкис по кличке «Витис». (ГАРФ, Ф. Р-9401, Оп. 2, Д. 139, Л. 276–277).
Для борьбы с националистами в Литве было сосредоточено 12 полков войск МВД; созданы оперативные группы во главе с опытными руководящими работниками МВД, каждой оперативной группе приданы маневренные подразделения войск МВД численностью 500–800 человек; за каждым отрядом националистов закреплены персонально оперативные работники и подразделения войск МВД; в волостях, наиболее охваченных вооруженной борьбой, выставлено 242 гарнизона войск МВД численностью не менее 30 человек каждый.