В начале 1933 г. Вернер Бест вернулся на государственную службу. 13 марта правительство земли Гессен назначило его на должность «статскомиссара по вопросам полиции». Теперь Бест мог приступить к осуществлению своих представлений о народном «государстве, руководимом фюрером». Сохранению и требованиям народа, по его словам, «высочайшей жизненной ценности», следует посвятить все остальные ценности, в том числе и отдельные жизни, которыми, если нужно, можно и пожертвовать»[36]. Тому, кто так думает, нетрудно теоретически узаконить наличие полицейского государства и превентивного заключения. «Всякая попытка создать иную политическую систему, — полагал юрист,-или же только оправдать ее, должна рассматриваться, как проявление болезни, которая угрожает здоровью целого народного организма, независимо от субъективной воли ее переносчика. Политическая полиция, — полагал он, — является организацией, которая внимательно следит за состоянием политического здоровья немецкого народа, своевременно устанавливает каждый симптом болезни, выявляет [...] опасные микробы и всеми доступными средствами ликвидирует их [...], не прибегая к каким-то особым законодательным мерам»[37]. Наряду со знатоком национал-социалистического права Гансом Франком Вернер Бест стал одним из ведущих юристов и специалистов по конституции в Третьем рейхе. Касательно фразы правоведа Карла Шмитта «Фюрер защищает право», Бест выразил свое мнение: «Право творит и изменяет действовавшее до этого право по воле руководства, независимо от того, в какой форме она выражается [...]». Является ли Гитлер высшим выразителем этой воли, действовал ли он при этом справедливо или нет, юриста не интересовало. «Вопроса о справедливости не стояло, стоял вопрос о судьбе» как единственно имеющий значение для истории. В качестве статскомиссара в марте 1933 г. он направил в «Гессенское полицейское ведомство» в Дармштадте самостоятельное управление политической полиции. 10 июля от имперского управляющего в Гессене Бест получил звание «земельного полицай-президента» и тотчас возглавил отдел 1а (полиция) гессенского МВД. В возрасте 30 лет Вернер Бест стал правительственным советником и унтерштурмфюрером СС.
Однако вскоре молодой и прагматично мыслящий полицай-президент поссорился с гессенским гауляйтером и имперским наместником Якобом Шпренгером. Последнему не понравилась та предметно-критическая дистанция, на какой Бест держался относительно различного рода просьб партии. В начале сентября 1933 г. «за непослушание» он был смещен с его должности и уволен с государственной службы. Вновь впавший в немилость специалист по вопросам управления познакомился в это время с Генрихом Гиммлером, который был занят тем, что хотел объединить полицейские управления отдельных земель. Предложение Гиммлера создать такую объединенную имперскую полицейскую службу пришлось по душе Вернеру Бесту. Отныне с рейхсфюрером СС у Беста завязались такие же доверительные отношения, как и с Гитлером. Гиммлер познакомил Беста с оберфюрером СС Рейнхардом Гейдрихом, который, в качестве руководителя «Службы безопасности рейхсфюрера СС (СД)», подыскивал юристов, которые обладали бы специальными знаниями, связанными с управленческой наукой, и могли бы помочь ему при создании еще неоперившейся в 1933 г. СД. Для своего непосредственного начальника Рейнхарда Гейдриха, благодаря исключительным профессиональным знаниям и организаторским способностям, Бест оказался поистине незаменим. Теперь он принадлежал к исключительному кругу молодых интеллектуалов СД, которые, в качестве мыслящих юридическими категориями ученых, должны были возглавить «мировоззренческую борьбу» руководимой партией политической разведывательной службы. Прежде чем возглавить отдел имперской полиции он, находясь в Штутгарте, возглавлял юго-западное управление СД. После этого Бест, которому присвоили звание гауптштурмфюрера СС, согласно пожеланию Гиммлера, предпринял первые шаги к объединению в рамках рейха земельных полицейских управлений. В марте 1934 г. он принял на себя обязанности по организации южного управления СД в Мюнхене. В качестве руководителя местного управления СД он был непосредственно замешан в осуществление акций во время так называемого путча Рема. Хотя меры, которые ему было приказано провести в связи с этой «несчастной датой» 30 июня 1934 г., как отозвался о ней Бест после войны, не соответствовали его представлениям о правовых принципах, будучи «национально мыслящим» юристом, он придерживался «того мнения, что во время чрезвычайного положения, объявленного в государстве, правомерны любые действительно необходимые меры»[38].