В сентябре 1934 г. Вернер Бест, получивший чин оберштурмбаннфюрера СС, последовал за Рейнхардом Гейдрихом в Берлин, чтобы служить в прусском ведомстве государственной тайной полиции — гестапо. В течение следующих пяти лет ему пришлось стать ближайшим, но в то же время самым неудобным сотрудником Гейдриха. В гестапо Бест возглавлял Управление I (администрация и право) и в начале 1935 г., в качестве комиссара, руководил также Управлением III (разведывательная полиция), которое возглавлял до 1939 г. Занимая подобное положение, а также возглавляя отдел административного управления и права созданного в 1936 г. Главного управления полиции безопасности при имперском МВД, Бест теоретически и практически занимался созданием полицейского аппарата Третьего рейха. Хотя гестапо прибегало не только к методам физического насилия, но также действовало как «полиция, контролирующая образ мыслей», желая при этом располагать неограниченными человеческими ресурсами, оно отнюдь не представляло собой для Беста «преступную организацию». Если бы такое определение было справедливо, основываясь на выводах одной из многочисленных апологетических работ Беста, появившихся после войны, его можно было бы назвать «пропагандистской фальшивкой». Ведь, по мнению адвоката методов гестапо и заместителя Гейдриха, действия полиции никогда не были противоправными, поскольку они основывались на приказах начальства, вплоть до высшего руководства: «Пока полиция выполняет волю руководства, она действует согласно закону»[39]. В эти годы в своих многочисленных статьях Вернер Бест оправдывал тоталитарную практику «национал-социалистического государства, руководимого фюрером», включая процесс централизации всей германской полиции, который он называл «огосударствлением»,-объединение полиции с СС, нацеленные на придание полиции статуса государственного института. Бест оправдывал и всемогущество гестапо, которое, являясь одним из независимых инструментов внутреннего управления, осуществляющих власть фюрера, согласно закону, свободно от любого правового контроля и при исполнении «воли фюрера» не требует никакого дополнительного законного подтверждения.
После того, как в июне 1936 г. Гиммлер стал также шефом немецкой полиции и, по существу, единственным руководителем полицейского аппарата, Бест заявил: «Немецкая полиция под руководством рейхсфюрера СС стала точкой пересечения движения и государства»[40]. Она перестала действовать как чисто охранительный орган государства и отныне перешла в наступление для того, чтобы «исполнять волю государственного руководства, а также создавать и поддерживать нужный ему порядок»[41]. При этом задача государственной полиции должна заключаться в том, «чтобы выявлять врагов государства, наблюдать за ними и в нужный момент обезвреживать», а также бороться и подавлять любую деятельность, сознательно направленную на нарушение «народного порядка» даже в том случае, «если она не нарушает или еще не нарушает внешний порядок».
Превентивная охрана народного порядка называется «осуществлением предупредительных мер», и Бест показал, каким образом можно работать, обходясь без судебного разбирательства, руководствуясь лишь распоряжениями о предварительном аресте. В качестве правовых основ предварительных мер по предотвращению преступлений с помощью полиции он снова опирался на народное восприятие права как государственными учреждениями, так и отдельными согражданами, которые видели в них «органы народа», «действовавшие в интересах народного порядка и согласно установленным руководством правилам достижения народных целей». Эти «органы» работали также и В целях предотвращения преступлений. При этом активную роль играла полиция, а «пассивную преступник, по отношению к которому принимались предварительные меры».
В качестве руководителя административного управления зипо Вернер Бест принимал участие в проведении мер, направленных против евреев. В сентябре 1938 г. власти германского рейха велели на все паспорта, владельцами которых были евреи, наклеить большую красную букву «Е». Циркуляр, требовавший эту меру, датированный 5 октября 1938 г., был подписан чиновником центрального аппарата д-ром Бестом. Уже в 1931 г. в своих «боксгеймеровских документах» он требовал особого отношения к евреям, которых он называл «чужеродными элементами» в отличие от немецких «сограждан». Позднее, став руководителем военной администрации Франции, Вернер Бест в известной степени нес ответственность за меры, направленные против евреев. Однако его нельзя назвать фанатическим ненавистником евреев типа Юлиуса Штрайхера или Йозефа Геббельса, поскольку антисемитизм не был составной частью его национального мышления. В то же время он не боялся узаконивать уничтожение народов, хотя и не уточнял, каких именно, определенно имея в виду еврейский народ: «Уничтожение и вытеснение чуждых нам народов не противоречит [...] законам жизни в том случае, когда они осуществляются целиком»[42].