После войны Вернер Бест охотно называл себя «типичным чиновником» и в то же время не склонным к политике «сторонником объективности», который, исполняя свой долг, разрабатывал основные принципы и персональную политику. Однако именно благодаря своим персонально-политическим решениям он не пользовался расположением своего начальника Гейдриха. Несмотря на сопротивление своего шефа, Бест твердо придерживался принципов кадрового чиновничества и тем самым препятствовал стараниям Гейдриха политизировать администрацию своей империи посредством «революционной динамики» убежденных товарищей по партии. Гейдрих относился к независимо работавшему Бесту с его юридическим образом мышления как к все более неконтролируемому лицу и наблюдал за ним с растущим недоверием. С гармоническим сотрудничеством у них ничего не получалось, тем более, что Бест наводил на многие размышления и тем самым становился все большим тормозом для беспринципного руководителя зипо и СД.
Хотя, вне всякого сомнения, Вернер Бест был убежденным национал-социалистом, при всех его теоретических устремлениях к народному «государству, руководимому фюрером», в нем «оставалась малая толика юриста, позволявшая ему сохранять нормальное мышление»[43]. Так, в 1939 г. в одном из меморандумов, предназначенных для Гиммлера и Гейдриха, он осудил вторжение в Прагу. Ему было непонятно, зачем Гитлеру понадобилось подмять под себя чехов; этот шаг противоречил его народному восприятию жизни, которое он всегда считал «основой национал-социализма». Он также критиковал в одной из опубликованных в 1942 г. работ спесь расы господ, присущую нацистскому режиму: «В соответствии с законами жизни [...] существование каждого народа признается, как самоцель жизни», и народ этот имеет право на существование наряду со всеми другими народами. Исторический опыт показал, что все «господствующие» народы, которые вообразили себя владыками порабощенных народов, в конце концов погибали от «смешения крови»[44].
Несмотря на подобного рода убеждения и часто высказывавшуюся им критику «антинародной» политики Гитлера, на чиновнике центрального аппарата и бригадефюрере СС Вернере Бесте как руководителе одного из ведомств РСХА, лежит значительная вина за преступления, совершенные немцами в Польше в начале Второй мировой войны. В этой связи в конце 1960-х гг. берлинская прокуратура обвинила его как руководителя ведомства I (организация, администрация и право) в создании «карательных отрядов полиции безопасности» во время немецко-польской войны, одним росчерком пера приговорившего к смерти 8723 польских еврея, священника и деятеля культуры.
Вернер Бест, который, благодаря его теоретическим изысканиям и свойственному ему таланту претворять их в практику, способствовал созданию политической полиции Третьего рейха и, прежде всего, помог приходу к власти своих начальников в критические начальные годы, теперь был потеснен в РСХА и в конце мая 1940 г. покинул ряды этой организации. Почти семь лет он проработал рядом с Гейдрихом, тщетно пытаясь заручиться личной дружбой своего более молодого руководителя. Однако отношения между Бестом и Гейдрихом с годами по сугубо личным причинам настолько ухудшились, что Гейдрих в неприятном «отщепенце» почуял конкурента и стал его ненавидеть.
После того, как 36-летний Вернер Бест летом 1940 г. окончил двухмесячные курсы по подготовке пехотинцев, в августе того же года верховным командованием сухопутных сил он был назначен начальником административного отдела при штабе командующего войсками во Франции в Париже. Отдел Беста занимался вопросами организации и деятельности местной администрации в оккупированной части Франции. Помимо наблюдения за полицией, на его отделе лежала обязанность подавлять французское движение Сопротивления.