После возвращения с тренировочных сборов в Тренто Мануэль Нойер и представители ультрагруппировок провели встречу. Нойер доказывал, что подписал договор с «Баварией» не из-за денег, утверждая, что в «Шальке» мог бы зарабатывать больше. (Вероятно, председатель наблюдательного совета Клеменс Тённис собирался поехать с ним в Москву для встречи со спонсором «Шальке», «Газпромом».) Ультрас предъявили голкиперу «список правил»: ему не разрешается приближаться к южным трибунам, он не может бросать свою форму в сторону сектора ультрас, и ему запрещается повторять в микрофон речёвки и песни ультрас. Кроме того, ему не разрешается целовать эмблему клуба и как-либо высказываться в своих интервью по поводу действий ультрас – ни позитивно, ни негативно. Известно, что Нойер согласился со всеми пунктами.
В электронном журнале Spiegel online Рафаэль Бушманн разъяснил разозлённой публике причины согласия Нойера, говоря, что оно не имеет никакого отношения к «страху или покорности». Это также не было попыткой «втереться к фанатам в доверие». Нойеру было важно «оставаться самим собой, не скрывая своих корней и отношения к ультрагруппировке «Шальке». Ведь тот, кто вращается в кругах ультрас, знает, что их восприятие не всегда распространяется на профессиональную или личную жизнь. Ультрас не могут принадлежать какому-то ещё клубу, кроме своего. <…> С этого сезона для Нойера начинается новая жизнь в Бундеслиге. Он – профессиональный игрок, его жизнь в качестве ультрас – по крайней мере, официально – закончена. Своё отношение к клубу он впредь будет демонстрировать лишь спортивными достижениями». Этим соглашением ультрас сохранили лицо, «как и Нойер, который не отказывается от своего происхождения и получает возможность устроиться в команде без дальнейших вмешательств». Бушманн цитировал одного из ультрас: «Мануэль дал добро нашим условиям, и он, мы убеждены в этом, будет их придерживаться. Во время беседы все были настроены очень позитивно, и мы не собираемся больше устраивать акции протеста против Нойера. Однако его мы никогда не сможем поддерживать так, как когда-то поддерживали Оливера Кана или Вилли Саньоля». Говорилось также, что по окончании разговора ультрас не стали пожимать руку Нойеру.
Через несколько дней после этой беседы «Бавария» играла за Кубок «LIGA total!» в Майнце против «Гамбурга» и уступила ему 1:2. Перед первым голом игрока «Гамбурга», Сона, Нойер ошибся в передаче, но оскорблений в его адрес слышно не было. 1 августа 2011 года Мануэль выступил в своём первом кубковом матче в составе «Баварии». На стадионе «Айнтрахта», играющего во второй лиге, собрались 23 000 зрителей – билеты были полностью распроданы. В первом раунде Кубка Германии Нойер и команда одержали полную победу над андердогом (3:0).
Спустя шесть дней, 7 августа, Мануэль дебютировал в воротах «Баварии» в Бундеслиге. К началу сезона-2011/12 руководство клуба атаковало также чемпиона, «Боруссию Дортмунд», и, помимо Нойера, захватило в свою команду Жерома Боатенга. Оба новых игрока вышли на поле в первом туре против «Боруссии» (Мёнхенгладбах) и стали причастными к победному голу, забитому командой соперника. На 62-й минуте Брауверс навесил к линии штрафной «Баварии». Боатенг остался на месте, Нойер вышел слишком поздно, так что де Камарго смог спокойно пробить по пустым воротам. Мануэль признавался: «Это была моя ошибка. Непростая ситуация, мяч был очень трудный». Он сказал, что начал игру «слишком энергично, хотел сделать всё как надо».
Стадион и после этого промаха хранил молчание, но на странице Нойера в «Фейсбуке» бесновалась толпа – как фанаты «Баварии», так и «шалькеры». «Ханс-Йорг Бутт был настоящим первым номером!» – это была ещё самая безобидная запись. В других Нойера называли «задницей» и «сукиным сыном». «Лучше бы ты остался в этом дерьмовом «Шальке». Гельзенкирхен насмехался: «Иуда опять всё профукал, хахаха, ну что за лузер».
Герой дня, 19-летний Марк-Андре тер Стеген, стоял в воротах напротив. Это была не последняя дуэль с тер Стегеном, которую Мануэль проиграл. И это была не последняя ошибка, которую он совершил во время своего первого сезона в Мюнхене.
Но начало карьеры в Мюнхене далось Нойеру нелегко не только из-за условий ультрас. Он играл перед публикой, для которой примером хорошего вратаря долгие годы служил Оливер Кан. Мануэль, по крайней мере частично, представлял собой противоположность «титана», к которой публика должна была привыкнуть.