Второй тур Бундеслиги «Бавария» проводила в гостях у «Боруссии» (Мёнхенгладбах). Мюнхенцы заслуженно уступили 1:3 – в этом есть и вина Нойера. Как уже было в первом матче, он сделал ошибку. В ситуации, когда соперник на 11-й минуте забил и вышел вперёд, Нойер отдал мяч в ноги Марко Ройсу, и тот с 30 метров попал в пустые ворота. Тренеру Юппу Хайнкесу пришлось оправдывать стиль игры Нойера: «Он пытается как можно быстрее ввести мяч в игру. Иногда случаются и промахи. Он должен немного снизить темп и быть более сконцентрированным, в этом его проблема». Нойер оправдывался: «Это был вызов. Я хотел сделать длинную передачу вперёд и вправо в направлении Арьена Роббена или Томаса Мюллера. Но я неверно ударил по мячу, и Ройсу легко дался гол. Своей ошибкой я посодействовал поражению. Мне очень жаль».
Йорг Бутт считал, что Нойер в «Баварии» со временем изменил свой стиль игры: «Мануэль – очень активный вратарь. Но со временем он успокаивается. Сегодня он может лучше оценивать ситуацию». Бутт также заметил, что в «Шальке» Нойер играл более рискованно и тем самым больше напрягал своих одноклубников. У голкипера «Шальке» было больше возможностей отличиться во время игры. И если из десяти попыток одна не удавалась, всё было не так плохо. Девять удавшихся действий заставляли забыть об одном неудавшемся. Но когда таких ситуаций уже не десять, а всего три или четыре, то начинаешь задумываться, что ты делаешь. Потому что в этом случае одна ошибка будет значить гораздо больше. По словам Бутта, Нойер сумел приспособиться совсем к иной ситуации в «Баварии».
26 февраля 2012 года Нойер впервые вышел на баварское поле против своего бывшего клуба. Когда он выбежал на газон «Альянц Арены», фанаты «Шальке» встретили его пронзительным свистом, который продолжился и во время игры. Каждый раз, когда Мануэль получал мяч, слышался свист. Когда он пробегал мимо фанатов, чтобы отбить мяч, доносились выкрики: «Вали отсюда, паршивый сукин сын!» Когда он спешил назад к своим воротам после вылазки в сторону средней линии, сотни болельщиков вытягивали в его сторону руку с выставленным средним пальцем. Другие бы за эти месяцы уже сломались. Но не Нойер.
В 30-м туре чемпионата Мануэль впервые с новым клубом приехал на дортмундский стадион «Сигнал Идуна Парк». «Боруссия» возглавляла турнирную таблицу, но преимущество перед «Баварией», занимающей второе место, составляло всего три очка. Так как у мюнхенцев соотношение забитых и пропущенных мячей было лучше, то в случае победы над давним конкурентом команда переместилась бы на верхнюю строчку. Как когда-то уже было с Оливером Каном, дортмундская публика забросала Нойера бананами. Голкипер воспринял такую фруктовую атаку спокойно и просто ждал, пока расчистят его рабочее место. Он играл достойно и в первом тайме успешно оберегал ворота своей команды. Но когда на 77-й минуте нападающий Левандовский пяткой подправил мяч в ворота после удара Гросскройца, тут уже даже Нойер был бессилен. «Боруссия» выиграла 1:0, до конца сезона команда увеличила свой отрыв от «Баварии» на восемь очков. Нойер говорил: «Дортмундцы очень хорошо играли в этом сезоне и заслужили титул». Предыдущим летом в своём специальном выпуске к финалу сезона Kicker написал на тему ухода Нойера: «В «Баварии» голкипер мирового класса теперь сможет узнать, что такое заслуженное чемпионство». Однако для начала Мануэль в своей новой команде стал лишь вице-чемпионом – как было и в «Шальке» в сезонах-2006/07 и 2009/10.
В своём первом «баварском» сезоне Бундеслиги Нойер пропустил в свои ворота меньше мячей, чем когда-либо. За 33 игры 22 гола. В еще одном матче, против «Штутгарта», ворота в последний раз за свою карьеру в лиге защищал Йорг Бутт – команда выиграла 2:0.
Мануэль показал хорошие результаты, но не выдающиеся. Ему не хватало возможности проявить себя. Спортивный журнал Kicker дал 20-летнему голкиперу «Байера» Бернду Лено среднюю оценку 2,65 и объявил его голкипером сезона. На втором месте оказался Рон-Роберт Цилер, на третьем – игрок из Штутгарта Свен Ульрайх. Нойер со своей оценкой 3,12 не попал и в лучшую десятку. Даже Крафт и Рензинг опередили его. Журнал ещё ни разу не оценивал его единицей. Игроком матча Нойер впервые стал лишь в полуфинале Кубка, и именно в матче против «Боруссии» (Мёнхенгладбах). Когда на стадионе «Боруссия Парк» после 120 минут счёт так и не был открыт, арбитр назначил серию пенальти. Нойер отбил удар Данте и тем самым помог своей команде выйти в финал. Там «Бавария» встретилась с дортмундской «Боруссией», которая одержала верх. На Олимпийском стадионе в Берлине «чёрно-жёлтые» выступили невероятно и заслуженно победили «красно-белых» 5:2.