Кроме того, в «Баварии» ему пришлось столкнуться немного с другим футболом, чем в «Шальке». Что касается классических задач вратаря, тут у Нойера работы стало меньше, чем в предыдущем клубе, однако, когда она появлялась, всё внимание фокусировалось на голкипере. Собственная команда, как правило, вела игру, небольшие шансы у соперника появлялись в основном во время контратак. А они, вероятно, самое трудное испытание для вратаря, потому что с их помощью в считаные секунды ситуация может перевернуться с ног на голову. Голкипер должен охватить взглядом игровое поле целиком, он должен правильно оценивать поведение игроков из своей команды и принимать правильные решения. В конце концов, о поведении вратаря можно говорить часами. Нужно ли ему было раньше выбежать? Лучше было раньше вернуться в ворота? Было бы всё по-другому, если бы он остался на линии? Нужно ли было больше наклониться влево или вправо?
К тем, кто встал на сторону Нойера, относится писатель Альберт Остермайер, по совместительству вратарь немецкой футбольной сборной писателей: «У «Баварии» ещё ни разу не было нападающего голкипера, того, кто так гениально управляет мячом и игрой, чередует, притормаживает, ускоряет. В нём нет ни доли вратарского тщеславия, он не устраивает из своей игры шоу, не старается впечатлить зрителей». Учитель Нойера, Лотар Матущак, также был на его стороне: «Голкипер, который часто покидает ворота, чаще допускает ошибки, которые выглядят неприятно, потому что предполагается, что тот, кто покидает ворота, должен заполучить мяч». Он считал, что Нойер – это человек, который пытается помочь своим товарищам по команде, и поэтому он часто выбегает из ворот. Это «желание помочь» – часть «рурского менталитета».
В разгар матча против команды из Мёнхенгладбаха Нойер установил новый рекорд «Баварии» – 1147 сухих минут. Затем были два матча квалификации Лиги чемпионов против «Цюриха». В Мюнхене немцы победили швейцарцев 2:0, в Цюрихе – 1:0. Триумф на переполненном зрителями стадионе «Летцигрунд» команда отметила ужином в отеле. После этого все игроки разбрелись по комнатам, а Нойер до полуночи беседовал с Раймондом Ауманном, голкипером «Баварии» с 1982 по 1994 год и нынешним руководителем отдела по работе с фанатами и фан-клубами.
В Бундеслиге ворота Нойера на протяжении 8 матчей – со второго по девятый туры – оставались сухими. В том числе и в шестом туре, то есть 18 сентября 2011 года, на некогда родной ему «Фельтинс-Арене». В преддверии встречи кумир Нойера Йенс Леманн задался вопросом относительно качества игры нового голкипера «Баварии». По его словам, в Мюнхене к вратарю предъявляют бо́льше требований. «Уже недостаточно периодически ловить непростые мячи, а потом снова допускать ошибку. Он должен постоянно показывать хороший результат, чтобы суметь убедить людей. Самая большая трудность при этом – это быть готовым совершенствоваться в психологическом плане. Тут уже не хватает той лёгкости, с которой Нойер до этого делал своё дело. Поэтому он должен работать над своей ответственностью и концентрацией. Я не знаю, есть ли в нём необходимая хватка. Трудно сказать, пока всё шло хорошо». Леманн хвалил 22-летнего Рона-Роберта Цилера и тем самым создал впечатление, что считает голкипера «Ганновера» лучшим футболистом. В любом случае, говоря о Цилере, он выглядел так, словно бросал камни в огород Нойера: «Для его (Цилера. –
В это время предшественники Нойера постоянно критиковали его игру. Было впечатление, что они боялись того, что их преемник однажды заставит их уйти в тень.
Когда Нойер перешёл в Мюнхен, президент «Шальке» Тённис в двойном интервью с Ули Хёнессом заявил газете Bild, что как «шалькер» он мог понять разочарование фанатов, «но периодические оскорбления или угрозы я понять не могу. Я считаю это нечестным». Хёнесс рассказывал: «Мануэль не хотел, чтобы дошло до самого плохого, если бы он подождал год, то ушёл бы без каких-либо выплат. Мануэль непременно хотел, чтобы «Шальке» получила эту сумму, потому что, не секрет, он был многим обязан клубу». Олаф Тон, который сам перешёл из «Шальке» в «клуб пижонов», предсказывал, что Нойер вернётся в обычное состояние: «После каждого неодобрительного свиста раздаётся сотня выкриков в поддержку Нойера».