ОАО оспорило в ВАС РФ абз. 13 раздела «В целях применения ст. 171 НК РФ» приложения к вышеуказанному письму ФНС, разъясняющий, что суммы налога, принятые налогоплательщиком к вычету в соответствии со ст. 171 и 172 НК РФ по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, приобретенным для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения в соответствии с гл. 21 НК РФ, но не использованным для указанных операций, должны быть восстановлены и уплачены в бюджет. Стоимость похищенного имущества должна возмещаться за счет виновных лиц с учетом налога на добавленную стоимость.
ОАО настаивало на том, что текст оспариваемого им абзаца приложения к письму ФНС от 19 октября 2005 г. содержит несоответствующее НК РФ правило, незаконно возлагающее на налогоплательщика обязанность восстанавливать и уплачивать в бюджет суммы НДС, ранее принятые к зачету.
При рассмотрении этого дела ВАС РФ указал, что поскольку оспариваемое письмо ФНС России рассчитано на многократное применение налоговыми органами, в том числе и при осуществлении функций налогового контроля, в процессе которого затрагиваются непосредственные права налогоплательщиков, его следует рассматривать в качестве акта, имеющего нормативный характер. Вместе с тем Федеральная налоговая служба не наделена правами по изданию нормативных правовых актов по вопросам налогов и сборов. Таким органом является Министерство финансов Российской Федерации.
Таким образом, в силу ст. 6 НК РФ письмо Федеральной налоговой службы, имеющее характер нормативного правового акта, не соответствует НК РФ, поскольку издано органом, не имеющим в соответствии с НК РФ права издавать подобного рода акты.
Кроме того, ВАС указал, что п. 3 ст. 170 НК РФ предусматривает случаи, при которых суммы налога, принятые к вычету налогоплательщиком по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, имущественным правам, подлежат восстановлению. Недостача товара, обнаруженная в процессе инвентаризации имущества, или имевшее место хищение товара к числу случаев, перечисленных в п. 3 ст. 170 НК РФ, не относятся.
Таким образом, оспариваемый абзац приложения к письму ФНС от 19 октября 2005 г. содержит правило, возлагающее на налогоплательщиков обязанность по внесению в бюджет ранее принятых к зачету сумм НДС, не предусмотренную НК РФ.
В итоге суд пришел к выводу признать абз. 13 раздела «В целях применения ст. 171 НК РФ» приложения к письму ФНС от 19 октября 2005 г. № ММ-6-03/886@, недействующим как не соответствующий НК РФ (Решение ВАС РФ от 23 октября 2006 г. № 10652/06).
Постановлением Правительства РФ от 12 ноября 2002 г. № 814 определен порядок утверждения норм естественной убыли при хранении и транспортировке товарно-материальных ценностей. В частности, было установлено следующее: нормы естественной убыли, применяемые для определения допустимой величины безвозвратных потерь от недостачи и (или) порчи товарно-материальных ценностей, разрабатываются с учетом технологических условий их хранения и транспортировки, климатического и сезонного факторов, влияющих на их естественную убыль, и подлежат пересмотру по мере необходимости, но не реже один раза в пять лет.