Спустя всего два дня был созван срочный сход (официально объявленный земским собором), на котором царем провозгласили Василия Шуйского. Род Шуйских, идущий от суздальских князей, был вторым по старшинству среди московских Рюриковичей, и в середине XVI в. представитель этого рода был бы самым законным претендентом на престол в случае пресечения московской княжеской династии. Но в начале XVII в. это уже имело мало значения. Опираясь, по классификации Макиавелли, на «знать», а не «народ» (в отличие от своих предшественников), Василий Шуйский имел очень слабую поддержку, а значит, и власть. При вступлении на престол, Шуйский принес специальную присягу, поклявшись не принимать важных решений без общего одобрения боярской думы. О нем говорили, что бояре играют им, как ребенком. Между тем уже через неделю после убийства Лжедмитрия распространились слухи, что в суматохе мятежа царь Дмитрий Иванович чудесным образом спасся — опять! — и появился самозванец, претендующий на имя первого самозванца…
Удивительнее всего то, что нарастающая политическая фрагментация не сопровождалась распадом страны, отпадением окраин. Все новые «самозванцы»-«самовыдвиженцы» появлялись на южных окраинах, в основном на недавно заново колонизованных черноземных землях «дикого поля» (в Слободской Украине, в верховьях Дона, на Черниговщине, в Рязанской земле), и, собрав войско из местных служилых людей, казаков и крестьян, устремлялись в Москву. Это свидетельствует о том, что противостояние Смутного времени разыгрывалось в рамках всего политического пространства Московского царства с центром в столице и было вполне «системной» формой политического процесса, направленного на поддержание этого пространства, а не на его дробление и разрыв.
Летом 1606 г. в Путивле, где полутора годами ранее отсиживался Лжедмитрий во время похода на Москву, развернулось движение за возвращение на трон будто бы спасшегося царя Дмитрия Иоанновича. На этом этапе политического процесса не потребовалось даже личное присутствие самозванца: восставшие соглашались считать, что царь скрывается на территории Речи Посполитой, но вернется, когда столица вновь присягнет ему. Организаторами движения выступили воевода Путивля князь Григорий Шаховский и воевода Чернигова князь Андрей Телятевский. Шаховский был сподвижником Лжедмитрия, за что был сослан в Путивль из Москвы новым царем Василием IV Шуйским, а Телятевский, верный слуга Бориса Годунова, был возмущен, что, придя к власти, Василий Шуйский обвинил Годунова в убийстве царевича Дмитрия. Во главе войска «оппозиции» царю Шуйскому встал бывший боевой холоп князя Телятевского Иван Болотников, который называл себя «большим воеводой Дмитрия Иоанновича». Войско Болотникова представляло собой коалицию четко различающихся социальных групп и политических сил: там были казаки во главе с уже упоминавшимся Илейкой — «царевичем Петром Федоровичем»; стрельцы под предводительством мелкого тульского дворянина Истомы Пашкова; дворяне под началом рязанского «сына боярского» Прокопия Ляпунова; холопы и крестьяне, ориентировавшиеся на самого Болотникова. Удивительно, что эта коалиция, включавшая практически все социальные слои Московского царства, продержалась почти полгода. Войско Болотникова разбило царские армии и осадило Москву.
С ходу взять Москву не удалось, царь Дмитрий Иоаннович так и не появился, и в коалиции разразился «политический кризис»: не имея реального общего кандидата стало невозможным сохранять единство ввиду существующего конфликта интересов. Помимо отсутствия институтов (вроде парламента), позволявших согласовывать групповые (сословные) интересы, сказывалась и традиционная неразвитость в Московии светской публичной сферы. Не было разработанного политического языка и устойчивых концепций, которые позволяли бы обсуждать политическую ситуацию в принципе, формулировать групповые требования, а потом искать «межпартийный» компромисс. Для воплощения этих идей и выработки некоего компромисса требовалась конкретная личность лидера, пусть и наделенная совершенно условным статусом, но лидера не было. В середине ноября 1606 г. коалиция распалась: большая часть служилых людей ушла от Болотникова и за неимением другого вождя присоединились к царю Василию Шуйскому. Но еще почти год правительственные войска не могли справиться с остатками армии Болотникова, теперь представлявшей радикальную крестьянско-казацкую оппозицию «служивому народу».
В феврале 1607 г. царь Василий Шуйский созвал очередной земский собор, чтобы попытаться решить проблему Лжедмитрия раз и навсегда: собор освободил население от присяги царю Дмитрию Иоанновичу как самозванцу и простил нарушение клятвы верности наследникам Бориса Годунова. Это помогло бы восстановить политическую стабильность, если бы проблема заключалась в легковерности населения и слепом подчинении присяге. Но дело было в самом раздроблении «единовластия» вслед за расколом внутри «служивого народа» и в отсутствии единого «кандидата» (а значит, и единой «программы»), способного примирить и устроить всех.