Уже сама идея распространить на завоеванные среднеазиатские территории принципы «военно-народного управления» была подлинно империалистической в современном смысле слова, т.е. сознательно направленной на подчинение и угнетение. На Северном Кавказе имперские власти имели дело с сетью свободных общин, ведущих натуральное хозяйство. После уничтожения горской аристократии режимом Шамиля они вполне соответствовали научным представлениям того времени о начальном уровне социальной организации, позже описанной как «военная демократия». Сам феномен «шариатского движения» XVIII в. и систематическое насаждение шариата Шамилем свидетельствовали о довольно поздней исламизации региона и сохранении роли адата в организации повседневной жизни. Безусловно вмешиваясь в местные социальные отношения, режим военно-народного управления ориентировался все же, скорее, на интеграцию разнокультурных северокавказских сообществ в имперскую систему.
Бухарский эмират, Хивинское и Кокандское ханства были сложно структурированными иерархическими обществами, управляемыми старыми династиями и авторитетными аристократиями. Самарканд, Бухара, Ходжент и другие древние города Мавераннахра являлись крупнейшими исламскими центрами Евразии, где стремились получить образование мусульманские священнослужители Поволжья и Кавказа. Роль ислама в повседневной жизни даже простолюдинов была несоизмеримо большей, чем на Северном Кавказе. Поэтому решение имперской власти обращаться с городскими культурами Бухары и Хивы как с обществами «военной демократии» — т.е. лишенными социально-классовой стратификации, регулируемыми нормами обычного права и поверхностно затронутыми монотеистической религией — являлось прямо реакционным и деструктивным.
Современные историки отмечают, что политика «игнорирования ислама» (т.е. отлучения мусульманской духовной элиты от государства) особенно последовательно проводилась на территориях, присоединенных в годы Великих реформ: в Туркестанском и Оренбургском, а затем Степном генерал-губернаторствах. Это было связано как с разворотом имперской идеологии в сторону демонстративного империализма, так и с влиянием административной культуры, поощрявшей циркуляцию управленческого опыта между имперскими окраинами. В 1860-х годах на новую восточную периферию назначались администраторы, имевшие опыт усмирения и русификации Западного края после восстания 1864 г. Там аналогом ислама как политически враждебной империи идейной основы местного общества было «латинство» — римский католицизм. Сам Кауфман в 1865−1867 гг. был виленским генерал-губернатором, чуть ранее пост помощника виленского генерал-губернатора занимал генерал-адъютант Н. А. Крыжановский. В 1865 г. Крыжановский получил назначение генерал-губернатором в Оренбург — регион с длительной историей взаимодействия имперского государства и степной мусульманской элиты. Прибыв в Оренбург, Крыжановский не пожелал ознакомиться с этой традицией, а в логике своей предшествующей борьбы с католицизмом повел наступление на ислам. При Крыжановском развернулась кампания по «спасению» казахов (по тогдашней терминологии — киргизов) от пагубного влияния ислама и возвращению этих кочевников к их языческим и шаманским «национальным» обычаям. Эта задача решалась путем установления контроля над мусульманскими школами и муллами, от которых теперь требовали знания русского языка и преподавания Корана по-русски, а также ведения на этом языке метрических книг (книг регистрации рождений и смертей). Эти меры никогда не реализовывались до конца и оставались половинчатыми, поскольку имперское государство не имело сколько-нибудь развитого аппарата в степи и его функцию по контролю над населением во многом выполняло мусульманское духовенство. От этого лишь более заметным становился откровенно идеологический и контрпродуктивный характер усилий имперских властей в проведении антиисламской политики в степи.