Сочетание практических политических соображений и освоения идеологии современного империализма привело к ужесточению конфессиональной политики в России. Традиционная мусульманская элита стала казаться ненадежным союзником, источником панисламистской угрозы, которую воображали по аналогии с наднациональной «европейскостью» или даже «западностью». Разыскания востоковедов — этнографов и лингвистов — породили идею о полезном для России раздроблении мусульманского населения посредством подчеркивания языковых и культурных различий внутри него. Этот результат достигался, в том числе, благодаря опоре на местные обычаи и местную специфику в рамках режима военно-народного управления. Так, население Туркестанского края «Временное положение» делило по условно-этнографическому признаку на сартов (в основном оседлое население) и киргизов (главным образом кочевников). Кочевое население в каждом уезде делилось на волости, волости — на аулы. Волостные и аульные старшины избирались населением на три года. У оседлого населения Сырдарьинской области административная и полицейская власть находилась в руках выборных аксакалов. В дальнейшем эта система продолжала корректироваться и распространяться на новоприсоединенные территории Центральной Азии, но основные ее принципы оставались прежними. Сословно-кастовые, региональные и конфессиональные группы начали осмысливать как этноязыковые народности, что в ХХ веке привело к формированию современных среднеазиатских наций и новому территориальному размежеванию по национальному принципу.
Программа реформ родилась из осознания выпадения имперского общества из культуры современности, поэтому главные усилия были направлены на ликвидацию образовавшегося разрыва и восстановления «европейскости» российской культуры. В практическом отношении это означало создание условий для производства и применения современного и конкурентоспособного знания в широком спектре, от обществоведения до медицины. Структура «европейской» культуры современности устроена так, что средой для воспроизводства и спонтанного развития интеллектуального сообщества является публичная сфера, включающая всех образованных людей. То есть даже для того, чтобы появились условия для возникновения отечественной школы создателей оружейного пороха, необходимо допустить общественные дискуссии о литературе и политике.
Судебная и военная реформа, колонизация новых территорий требовали образованных людей, вооруженных современным знанием. Реформаторам не хватало наиболее фундаментальных знаний об империи, прежде всего — о новообретенном
У правительства и общества практически одновременно сформировался запрос на современное образование и институциализацию общественных дискуссий. Ответом на него стала серия реформ, начавшаяся изданием в 1863 г. нового университетского устава — систему образования начали менять с самой верхней ступени. Причем, сама история подготовки нового устава красноречиво раскрывает логику и цели реформаторов.