Период Великих реформ совпал со становлением российского исламоведения — научных школ в Казани и Петербурге, масштабных исследовательских проектов ученых при кавказских наместниках. Тем более удивительно, что появление современной экспертизы по исламу вело к политике конфронтации — а не более нюансированного и продуктивного взаимодействия, основанного на лучшем понимании мотивов и логики исламского общества. И Франция, и Великобритания старались привлечь исламское духовенство колоний на сторону колониальных властей, используя экспертизу востоковедения, активно развивавшегося в XIX в. сначала немецкими учеными, к которым во второй трети столетия присоединились английские и французские исследователи. Большинство европейских востоковедов с симпатией относились к объекту своего изучения, но изучение мира, совершенно чуждого их повседневному опыту, вело к экзотизации восприятия «Востока» (Ориента), которому более или менее сознательно приписывались некие цивилизационные качества. Сегодня европейское востоковедение критикуют за «ориентализм» — формирование представления о разнообразных обществах Азии и Африки как о неком едином цивилизационном типе. Более или менее активно этому типу приписывались качества, зеркально противоположные идеалу европейской современности: религиозный фанатизм, деспотизм, экономическая стагнация, правовой произвол, склонность к сексуальным и диетическим излишествам. Ориенталистские проекции могли быть и вполне позитивными — прославлявшими воинскую доблесть или «дикарское свободолюбие», но все равно за ними скрывалось представление о существовании непреодолимой цивилизационной дистанции и готовность приписывать сложным сообществам (или даже группам разных сообществ) некие общие базовые признаки. Таким образом, для совершенно незнакомых с исламским миром европейцев ориентализм предоставлял и знания для конструктивного взаимодействия с мусульманскими элитами в колониях, и основу для проведения невидимой цивилизационной границы.
Мусульмане всегда были важной частью российского имперского общества, населяя центральные, старейшие территории вдоль Волги. Затем их численность выросла после завоевания Крыма, Кавказа, а присоединение Средней Азии добавило еще несколько миллионов мусульманских подданных. В начале 1890-х гг. в Османской империи проживало 12.6 миллионов мусульман, а в Российской империи по переписи 1897 г. было 13.9 миллионов мусульман. Из этого числа половина (семь миллионов) приходилась на Среднюю Азию. Возможно, антиисламский поворот имперской политики был вызван удвоением числа мусульманских подданных после завоевания Средней Азии и опасениями по поводу распространения «панисламизма» как политического фактора. Но, возможно, не меньшую роль сыграл новейший ориентализм европейского образца — научное «выученное» знание о мусульманах, пришедшее на смену непосредственному опыту и традиции практического взаимодействия. Ведя непрерывные войны с Османской империей на пике ее могущества, Екатерина II не боялась проводить политику веротерпимости, институционально встраивать исламское духовенство в империю и поощрять его влияние на башкир и казахов — и примерно так же себя вели по отношению к мусульманам европейские колонизаторы во второй половине XIX в. Однако новый российский империализм эпохи Великих реформ для воспроизведения «европейского» ориенталистского отношения к «Востоку» (подчеркивающего непреодолимое цивилизационное превосходство метрополии) вынужден был принять прямо противоположную политику. Для этого пришлось «забыть» о столетнем опыте взаимодействия с мусульманским духовенством, полутысячелетнюю традицию интеграции мусульманских элит, и вопреки практической целесообразности вступить в конфронтацию с давними соседями — все для того, чтобы лучше вжиться в образ заморских завоевателей, непременного атрибута новой европейской современности.