Символом перехода внутриполитических проблем в новое качество стало покушение на министра внутренних дел Российской империи Дмитрия Сипягина. Он был убит пятью выстрелами 2 (15) апреля 1902 г. буквально «на рабочем месте», в вестибюле Мариинского дворца (месте заседания комитета министров и Государственного совета) в Санкт-Петербурге. Это было первое политическое убийство столь высокопоставленного государственного деятеля за два десятилетия. Дерзкое покушение было организовано Боевой организацией (БО) при Центральном комитете только что образованной партии социалистов-революционеров (эсеров). Боевая организация возродила революционный террор как метод борьбы, сделав важный шаг вперед по сравнению с народовольцами. Индивидуальный по форме, новый революционный террор был массовым, признавая легитимными жертвами всех чиновников. В течение года БО организовала покушения на обер-прокурора Священного Синода, идеолога режима Александра III Константина Победоносцева и петербургского градоначальника Николая Крейгельса (которые сорвались), харьковского и уфимского губернаторов (первый ранен, второй убит). Удачные и сорвавшиеся покушения, как и поимка, суд и казнь террористов становились важнейшими информационными поводами раскручивания литературно-пропагандистской машины «Подпольной России». Уже сложившиеся темы и интерпретации (народная кара преступника-чиновника, бескорыстная личная жертва и моральное превосходство революционеров) наполнялись новым конкретным содержанием с каждым новым терактом.
Спустя несколько дней произошло другое знаковое событие, оставшееся почти незамеченным в обществе, взбудораженном убийством Сипягина. Один из идеологов модерного русского национализма, известный журналист Михаил Меньшиков, опубликовал фельетон, в котором с иронией рассказал о попытке убедить его в подлинности неких секретных документов, касающихся всемирного еврейского заговора. Судя по всему, это было первое публичное упоминание «Протоколов сионских мудрецов», манифеста «всемирного еврейского заговора», направленного на дестабилизацию законных национальных режимов. Опытный газетчик Меньшиков сразу распознал в этом тексте графоманскую фальшивку (и возмутился попыткой использовать его для низкопробного «вброса») что, впрочем, не помешало дальнейшей политической популярности «Протоколов».
Убийство Сипягина не вызвало немедленного масштабного карательного поворота во внутренней политике. Отсутствие прямой реакции режима на новые внешние обстоятельства могло даже показаться признаком более гибкой и адекватной позиции. Можно вспомнить, что в эти же дни (26 марта / 8 апреля 1902 г.) российский посланник в Пекине подписал с правительством Цинской империи соглашение о поэтапном выводе из Манчжурии войск, участвовавших в подавлении боксерского восстания. Полгода спустя, к октябрю 1902 г., российская сторона выполнила обязательства по первому этапу вывода войск из Манчжурии. Тогда же, в октябре 1902 г., автора проекта «полицейского социализма», реформатора Сергея Зубатова, перевели из Москвы в Петербург и поставили во главе политического сыска в империи. Он возглавил Особый отдел Департамента полиции, начав распространять московский эксперимент по организации контролируемой борьбы рабочих за улучшение своего экономического положения по всей стране. Решение о назначении Зубатова последовало по итогам его встречи с новым министром внутренних дел Вячеславом Плеве летом 1902 г., на которой Зубатов представил министру свою программу социальной политики. Одним из результатов этой встречи стало разрешение МВД лидерам зубатовской Еврейской независимой рабочей партии провести в Минске вторую Всероссийскую конференцию сионистов 22-28 августа (4-10 сентября) 1902 г. – единственный легальный сионистский съезд в истории Российской империи.