Но разница, очевидно, была, и протест гетмана Мазепы против превращения Малороссии в рядовую губернию России был лишь наиболее острым выражением нараставшего недовольства. Относясь к Малороссии как к ценному ресурсу, Петр отправлял в богатые украинские деревни на постой армейские полки, жаловал украинские земли вместе с крестьянами своим фаворитам (в нарушение всех мыслимых норм), а начиная с 1720 г. приступил к ликвидации украинской автономии. В 1720 г. в Глухове (ставке гетмана Малороссии) была учреждена судебная коллегия, укомплектованная коронными чиновниками, — то есть суд был выведен из-под юрисдикции гетмана. В 1722 г. к гетману Скоропадскому были приставлены командиры российских полков, расквартированных в Малороссии. Затем в Глухове была учреждена малороссийская коллегия, лишившая гетмана фактически всех властных полномочий, а после смерти Скоропадского ставшая официальным правительством. Предполагалось, что после смерти последнего гетмана новый так и не будет избран и сама должность исчезнет — именно таким образом был в свое время ликвидирован институт Московского Патриарха. Попытки лидеров казацкой старшины выразить протест — даже в самой верноподданнической форме — приводили Петра в ярость. В 1723 г. он приказал заточить в Петропавловскую крепость казацких лидеров во главе с Павло Полуботоком (Павлом Полуботком), исполнявшим обязанности гетмана. Имущество богатейшего казацкого полковника Полуботока было конфисковано, сам он умер в заточении.
Верховный тайный совет, вопреки сопротивлению Екатерины I, последовательно добивался восстановления прежнего статуса украинских земель. Была уничтожена Малороссийская коллегия, восстановлена власть гетмана, отменены подати, введенные после ликвидации гетманщины, делами Малороссии начала заниматься Иностранная коллегия (вместо Сената), а населению Московского царства была запрещена покупка земель под юрисдикцией гетмана, «чтоб оттого малороссиянам не было учинено озлобления». «Верховников» трудно заподозрить в симпатиях украинской независимости — даже если встать на традиционную точку зрения, согласно которой они проводили консервативную антипетровскую политику в интересах старомосковской аристократии. И старый московский «пороховой» империализм, и новый «камералистский» империализм вели дело к поглощению Украины (Малороссии) — но никак не к защите ее самостоятельности. Очевидно, что как и в прочих случаях, «верховники» ориентировались в украинской политике в первую очередь на здравый смысл, фиксируя своими решениями то положение вещей, которое государственная власть была в состоянии поддерживать без чрезмерного напряжения ресурсов. Имперская власть не имела никакого другого механизма управления украинскими землями, кроме как военной силы десяти полков, расквартированных в Малороссии, — или уже сложившейся гетманской администрации. Дешевле и эффективнее было положиться на зачаточные государственные структуры гетманщины.